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- PDB-5z2p: ThDP-Mn2+ complex of R413K variant of EcMenD soaked with 2-ketogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2p
タイトルThDP-Mn2+ complex of R413K variant of EcMenD soaked with 2-ketoglutarate for 5 min
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードTRANSFERASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Chem-TD6 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qin, M.M. / Guo, Z.H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
香港
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Two active site arginines are critical determinants of substrate binding and catalysis in MenD: a thiamine-dependent enzyme in menaquinone biosynthesis.
著者: Qin, M.M. / Song, H.G. / Dai, X. / Chen, Y.Z. / Guo, Z.H.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,14849
ポリマ－491,2468
非ポリマー5,90141
水45,3262516
1
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,68928
ポリマ－245,6234
非ポリマー3,06624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24480 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area67690 Å2
手法PISA
2
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,45921
ポリマ－245,6234
非ポリマー2,83617
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23310 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area67370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.260, 90.270, 167.070
Angle α, β, γ (deg.)83.430, 76.140, 63.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
21(CHAIN B AND ((RESID 1 AND (NAME N OR NAME...
31(CHAIN C AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
41(CHAIN D AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
51(CHAIN E AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
61(CHAIN F AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
71(CHAIN G AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
81(CHAIN H AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(CHAIN A AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...A0
211(CHAIN B AND ((RESID 1 AND (NAME N OR NAME...B0
311(CHAIN C AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...C0
411(CHAIN D AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...D0
511(CHAIN E AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...E0
611(CHAIN F AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...F0
711(CHAIN G AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...G0
811(CHAIN H AND (RESSEQ 1:5 OR (RESID 6 AND (NAME...H0

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 61405.766 Da / 分子数: 8 / 変異: R413K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / Variant: 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

-
非ポリマー , 5種, 2557分子

#2: 化合物
ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid


分子量: 527.403 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N4O10P2S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.14M Magnesium formate, 12% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5
PH範囲: 7.2-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20.64 Å / Num. obs: 159070 / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EJ8

5ej8


解像度: 2.3→20.64 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2015 1.27 %
Rwork0.165 157043 -
obs0.166 159058 78.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.02 Å2 / Biso mean: 16.72 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→20.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34123 0 352 2516 36991
Biso mean--18.15 21.77 -
残基数----4448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
15E18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
16F18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
17G18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
18H18798X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35740.23341480.1793111371128578
2.3574-2.42110.20991390.1844112071134678
2.4211-2.49220.27661350.1836114671160280
2.4922-2.57250.23851570.1814114991165680
2.5725-2.66430.25961490.1845116141176382
2.6643-2.77070.21451210.183299451006669
2.7707-2.89650.25461500.185103891053972
2.8965-3.04870.23551510.1767120491220084
3.0487-3.23910.18551570.172118981205583
3.2391-3.48810.20761520.161115721172481
3.4881-3.83710.18421390.1502113821152179
3.8371-4.38760.17391110.14049697980867
4.3876-5.51050.16571540.14119411209583
5.5105-20.63770.16751520.1543112461139878

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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