PDB-5z2l: Crystal structure of BdcA in complex with NADPH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z2l

タイトル

Crystal structure of BdcA in complex with NADPH

要素

Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) / NADPH binding / biofilm dispersal

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic-di-GMP binding / single-species biofilm formation / NADPH binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yang, W.S. / Hou, Y.J. / Li, D.F. / Wang, D.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: A potential substrate binding pocket of BdcA plays a critical role in NADPH recognition and biofilm dispersal
著者: Yang, W.S. / Hong, Y. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Li, D.F. / Hou, Y.J.

履歴

登録	2018年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5z2l.ent.gz	960.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5z2l_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z2l_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	5z2l_validation.xml.gz	134.4 KB	表示
CIF形式データ	5z2l_validation.cif.gz	189.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/5z2l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pcvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hxz-2 3hy0-1 2x70-2 3hxz-3 6ycg-d 3b3i-d 3gsr-d 6nca-20 6ycf-d 6una-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

D: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

B: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

C: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

E: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

J: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

H: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

K: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

I: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

F: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

G: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

L: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

318 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

B: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.1 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

C: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

F: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

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53.2 kDa, 2 ポリマー
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4

J: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

I: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 2 ポリマー
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5

H: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

G: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

L: Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.833, 72.280, 172.324
Angle α, β, γ (deg.)	99.22, 86.78, 107.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

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タンパク質 , 1種, 12分子 ADBCEJHKIFGL

#1: タンパク質	Cyclic-di-GMP-binding biofilm dispersal mediator protein 分子量: 25697.281 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: bdcA, yjgI, b4249, JW4207 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39333

-
非ポリマー , 7種, 2539分子

#2: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 9.0, 30%(w/v) Polyethylene glycol 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97845 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→49.2 Å / Num. obs: 312158 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 15390 / CC_1/2: 0.911 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pcv

4pcv

解像度: 1.7→43.725 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 18.71

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1789	2008	0.66 %	Random
R_work	0.1511	-	-	-
obs	0.1513	303524	92.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21098	0	640	2516	24254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	22604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	30624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.568	13418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	3392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4002

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.225	137	0.1988	20220	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7425-1.7896	0.2473	139	0.1905	20414	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7896-1.8423	0.2368	125	0.1832	20635	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8423-1.9018	0.225	141	0.1835	20695	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9018-1.9697	0.2222	141	0.1903	21155	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9697-2.0486	0.1666	146	0.1684	21830	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0486-2.1418	0.2175	143	0.1611	21794	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1418-2.2547	0.2262	144	0.1658	21456	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2547-2.396	0.1817	143	0.1509	22022	X-RAY DIFFRACTION	94
2.396-2.581	0.1812	149	0.1501	22333	X-RAY DIFFRACTION	96
2.581-2.8407	0.1773	155	0.1519	21827	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8407-3.2516	0.1838	149	0.1506	22599	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2516-4.0962	0.1458	149	0.1306	22146	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0962-43.7399	0.1487	147	0.1329	22390	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2269	0.6745	-0.3813	2.4744	-0.4159	2.5881	0.0019	0.3203	0.3084	-0.5242	-0.0629	0.4733	-0.2449	-0.2457	0.0289	0.5017	0.082	-0.1564	0.4052	0.083	0.3306	-45.2968	-136.8964	-66.2678
2	2.247	0.1339	0.6806	0.8322	0.1872	1.9773	-0.0858	0.3114	0.3202	-0.4325	0.0367	0.1579	-0.3392	-0.1096	0.0473	0.588	0.0732	-0.1246	0.4203	0.0984	0.2619	-42.5516	-138.0942	-70.1301
3	1.5875	0.0073	0.8847	0.0084	-0.0288	2.1505	-0.1162	0.3181	0.4718	-0.5062	-0.0587	0.0287	-0.5591	0.0729	0.2345	0.7266	0.0899	-0.1091	0.4202	0.1491	0.3875	-38.9578	-129.6949	-68.612
4	5.0186	0.4483	-0.0011	3.4076	-0.847	2.9366	-0.0374	0.8108	0.4011	-0.4592	0.0093	-0.3167	-0.5534	0.5465	0.0104	0.4526	-0.0854	0.0124	0.4312	0.0934	0.2314	-19.0536	-135.6097	-61.4211
5	1.5784	0.2052	0.4265	1.4162	-0.2073	1.5414	-0.1133	0.076	0.2256	-0.2297	-0.024	0.0222	-0.3387	0.0121	0.1222	0.3864	0.0329	-0.0747	0.3067	0.0739	0.2564	-34.8787	-137.5259	-54.7751
6	3.1851	-0.7428	-4.235	0.989	1.3197	5.7732	0.0039	0.2892	0.331	-0.1527	-0.0714	0.0927	-0.3231	-0.1912	0.0832	0.272	0.0047	-0.0619	0.2269	0.042	0.2268	-33.6914	-137.754	-49.2866
7	0.2731	-0.0317	0.6517	1.5559	-0.2591	1.5933	0.0705	0.3819	0.1071	-0.4631	-0.1493	-0.0268	-0.1561	0.0601	0.0635	0.3165	0.0322	-0.0434	0.3565	0.0589	0.1732	-34.5883	-150.5189	-62.7137
8	1.7061	0.8098	-1.4677	2.2353	2.589	7.1192	-0.0566	0.1218	-0.0938	-0.0117	0.1026	-0.2594	0.1031	0.3833	-0.0137	0.1781	-0.0207	-0.0392	0.3053	0.0491	0.1822	-29.1439	-156.5554	-56.6074
9	1.2663	0.1671	1.2468	1.195	0.0623	1.3595	0.068	0.172	-0.2179	-0.08	-0.0806	0.3726	0.0895	-0.2919	-0.0726	0.1499	-0.0138	-0.068	0.3582	-0.0498	0.2865	-5.728	-129.317	-37.892
10	1.5717	0.3975	1.089	1.0805	0.895	3.6562	0.1018	-0.0599	-0.1451	0.0497	-0.0431	0.1513	0.2077	-0.2628	-0.0329	0.0843	-0.0365	-0.0239	0.2065	0.0216	0.1735	-21.413	-128.931	-47.705
11	1.0527	1.0861	1.7367	1.6644	1.5096	3.4073	0.0199	0.1705	0.0352	-0.1493	0.0247	0.0307	-0.1845	-0.113	-0.0507	0.1629	0.0181	-0.0365	0.2847	0.0036	0.2014	-19.689	-140.337	-41.523
12	1.8109	-0.4327	-1.2162	1.2331	0.6427	9.0442	0.0327	0.2694	-0.0318	-0.139	-0.0425	0.0616	0.1718	-0.0058	0.0067	0.085	-0.0065	-0.0369	0.2306	0.0169	0.1433	-17.974	-141.957	-49.148
13	0.5977	0.7358	0.7715	2.8359	1.5779	1.1987	0.0597	-0.2237	0.1764	0.0245	-0.2358	0.4113	-0.1156	-0.2942	0.1872	0.1558	0.0433	-0.034	0.3323	-0.0081	0.2294	-24.722	-137.122	-29.216
14	2.5074	-0.6806	-0.3937	1.9502	0.7737	4.0104	-0.1032	0.0444	0.1717	-0.0732	-0.0129	0.145	-0.3426	-0.103	0.121	0.2054	0.0449	-0.0652	0.2706	0.0537	0.1908	-21.389	-146.496	-31.971
15	3.8617	-0.8466	0.1406	1.3626	0.2882	2.1063	0.0642	0.1105	0.2646	-0.05	-0.0344	-0.3087	-0.4235	0.3978	-0.0434	0.3009	-0.1475	-0.0314	0.2742	0.007	0.3685	-10.744	-166.016	-24.452
16	1.9266	0.214	-0.0069	2.7567	0.0583	0.7752	-0.1009	0.0977	0.436	-0.198	0.0804	-0.3754	-0.5271	0.4069	-0.0013	0.4017	-0.1868	-0.0128	0.3444	0.0303	0.4332	-17.134	-172.501	-22.518
17	5.9396	-0.9909	2.2759	4.654	-0.7069	3.6272	-0.2945	-0.0607	1.1112	-0.1284	-0.1027	-0.0697	-0.7616	-0.2578	0.3747	0.4371	0.0059	-0.0758	0.2353	-0.012	0.4043	-27.649	-174.577	-41.645
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精密化 TLSグループ

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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 41 through 62 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 63 through 120 )
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 191 through 205 )
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 29 through 62 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 63 through 120 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 121 through 143 )
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 217 through 240 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 2 through 40 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 41 through 62 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 63 through 81 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 82 through 107 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 108 through 143 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 144 through 167 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 168 through 231 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 232 through 240 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'I' and (resid 2 through 28 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'I' and (resid 29 through 40 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 41 through 62 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 63 through 95 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'I' and (resid 96 through 120 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'I' and (resid 121 through 143 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'I' and (resid 144 through 167 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'I' and (resid 168 through 205 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'I' and (resid 206 through 242 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'J' and (resid 2 through 62 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'J' and (resid 63 through 143 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'J' and (resid 144 through 167 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'J' and (resid 168 through 226 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'J' and (resid 227 through 243 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'K' and (resid 2 through 40 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'K' and (resid 41 through 81 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'K' and (resid 82 through 143 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'K' and (resid 144 through 167 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'K' and (resid 168 through 226 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'K' and (resid 227 through 245 )
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88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'L' and (resid 96 through 107 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'L' and (resid 108 through 143 )
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92	X-RAY DIFFRACTION	92	chain 'L' and (resid 191 through 226 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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