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- PDB-5z2k: Structure of S38A mutant Mn-bound periplasmic metal binding prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2k
タイトルStructure of S38A mutant Mn-bound periplasmic metal binding protein from candidatus liberibacter asiaticus
要素Periplasmic solute binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ABC Transporter / Periplasmic solute binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Periplasmic solute binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Liberibacter asiaticus
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saini, G. / Sharma, N. / Dalal, V. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The analysis of subtle internal communications through mutation studies in periplasmic metal uptake protein CLas-ZnuA2
著者: Saini, G. / Sharma, N. / Dalal, V. / Warghane, A. / Ghosh, D.K. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic solute binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,03116
ポリマ－30,8811
非ポリマー1,15015
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13020 Å2
2
A: Periplasmic solute binding protein
ヘテロ分子

A: Periplasmic solute binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,06232
ポリマ－61,7622
非ポリマー2,30030
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5860 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.190, 94.190, 94.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Periplasmic solute binding protein


分子量: 30881.055 Da / 分子数: 1 / 変異: S38A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Liberibacter asiaticus (strain psy62) (バクテリア)
株: psy62 / 遺伝子: CLIBASIA_02120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C6XF58

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非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 2M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→81.58 Å / Num. obs: 44692 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UDO

4udo


解像度: 1.8→81.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.1 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1645 2254 5 %RANDOM
Rwork0.14548 ---
obs0.14647 42404 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→81.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 72 376 2583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9863247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99135216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4135305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82924.84899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51915422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7031511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3541.3851164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1071.3531156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3282.0161467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3312.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5731.7851221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5711.7881222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.222.5171774
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.68920.0562915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.70120.0712916
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 154 -
Rwork0.215 2926 -
obs--93.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.371 Å / Origin y: -27.284 Å / Origin z: 20.787 Å
111213212223313233
T0.0329 Å2-0.0032 Å2-0.0058 Å2-0.0185 Å20.0031 Å2--0.0193 Å2
L0.9901 °2-0.2365 °2-0.2655 °2-1.5574 °20.2546 °2--1.1421 °2
S-0.0145 Å °0.0578 Å °0.07 Å °-0.0329 Å °-0.0171 Å °0.0467 Å °-0.1484 Å °-0.0171 Å °0.0316 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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