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- PDB-5z2g: Crystal Structure of L-amino acid oxidase from venom of Naja atra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2g
タイトルCrystal Structure of L-amino acid oxidase from venom of Naja atra
要素L-amino acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidase / flavoenzyme / naja atra
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino-acid oxidase / L-amino-acid oxidase activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / apoptotic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.676 Å
データ登録者Kumar, J.V. / Chien, K.Y. / Wu, W.G. / Lin, C.C. / Chiang, L.C. / Lin, T.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of L-amino acid oxidase from naja atra (Taiwan Cobra)
著者: Kumar, J.V. / Chien, K.Y. / Lin, C.C. / Chiang, L.C. / Lin, T.H. / Wu, W.G.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-amino acid oxidase
B: L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5448
ポリマ－116,0882
非ポリマー2,4566
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area35590 Å2
2
A: L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4935
ポリマ－58,0441
非ポリマー1,4494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
3
B: L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0513
ポリマ－58,0441
非ポリマー1,0072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.836, 104.836, 214.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 L-amino acid oxidase


分子量: 58044.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: A8QL58*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1mM Hepes, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→30 Å / Num. obs: 39179 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.68→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique obs: 1911

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IID

2iid


解像度: 2.676→26.433 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 3430 5.07 %
Rwork0.1714 --
obs0.1738 39038 81.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.676→26.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7696 0 162 100 7958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24710930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4984754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6759-2.71250.2847860.22671592X-RAY DIFFRACTION56
2.7125-2.75120.3007890.21931697X-RAY DIFFRACTION60
2.7512-2.79220.2428950.21571794X-RAY DIFFRACTION65
2.7922-2.83580.26821100.2022090X-RAY DIFFRACTION72
2.8358-2.88220.27671220.21252152X-RAY DIFFRACTION78
2.8822-2.93190.30681180.21372371X-RAY DIFFRACTION83
2.9319-2.98510.25961290.21752436X-RAY DIFFRACTION87
2.9851-3.04240.29271370.21132549X-RAY DIFFRACTION91
3.0424-3.10450.23861410.19822667X-RAY DIFFRACTION95
3.1045-3.17190.27211560.20462738X-RAY DIFFRACTION97
3.1719-3.24550.27611420.19472761X-RAY DIFFRACTION99
3.2455-3.32650.27581440.19772770X-RAY DIFFRACTION100
3.3265-3.41630.27471560.19462870X-RAY DIFFRACTION100
3.4163-3.51660.2251560.18922810X-RAY DIFFRACTION100
3.5166-3.62980.2491480.17172817X-RAY DIFFRACTION100
3.6298-3.75920.21341510.17052834X-RAY DIFFRACTION100
3.7592-3.90930.19711480.16362834X-RAY DIFFRACTION100
3.9093-4.08660.17991480.14312770X-RAY DIFFRACTION100
4.0866-4.30120.19361510.14382790X-RAY DIFFRACTION100
4.3012-4.56930.1591590.13392846X-RAY DIFFRACTION99
4.5693-4.92010.22461460.13572759X-RAY DIFFRACTION99
4.9201-5.41140.17781470.15282821X-RAY DIFFRACTION100
5.4114-6.18560.20031420.17142822X-RAY DIFFRACTION100
6.1856-7.76040.20781490.17412824X-RAY DIFFRACTION100
7.7604-26.43430.1751600.14872786X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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