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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z1v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AvrPib | ||||||
![]() | AvrPib protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Magnaporthe oryzae / MAX effector / protein crystal structure | ||||||
機能・相同性 | AvrPib protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / He, D. / Zhao, Y.X. / Taylor, I.A. / Peng, Y.L. / Yang, J. / Liu, J.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A positive-charged patch and stabilized hydrophobic core are essential for avirulence function of AvrPib in the rice blast fungus. 著者: Zhang, X. / He, D. / Zhao, Y. / Cheng, X. / Zhao, W. / Taylor, I.A. / Yang, J. / Liu, J. / Peng, Y.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7437.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate pH 6.9, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→42.45 Å / Num. obs: 24125 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.661→42.449 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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