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- PDB-5z0v: Structural insight into the Zika virus capsid encapsulating the v... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z0v | ||||||||||||
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Title | Structural insight into the Zika virus capsid encapsulating the viral genome | ||||||||||||
![]() | Extracellular solute-binding protein family 1,viral genome protein | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Zika virus / capsid | ||||||||||||
Function / homology | ![]() detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / cell chemotaxis / double-stranded RNA binding / viral capsid / outer membrane-bounded periplasmic space / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / periplasmic space / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / DNA damage response / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, T. / Zhao, Q. / Yang, X. / Chen, C. / Yang, K. / Wu, C. / Zhang, T. / Duan, Y. / Xue, X. / Mi, K. ...Li, T. / Zhao, Q. / Yang, X. / Chen, C. / Yang, K. / Wu, C. / Zhang, T. / Duan, Y. / Xue, X. / Mi, K. / Ji, X. / Wang, Z. / Yang, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insight into the Zika virus capsid encapsulating the viral genome. Authors: Li, T. / Zhao, Q. / Yang, X. / Chen, C. / Yang, K. / Wu, C. / Zhang, T. / Duan, Y. / Xue, X. / Mi, K. / Ji, X. / Wang, Z. / Yang, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 60.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5z0rC ![]() 1ez9S ![]() 1sfkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48977.270 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: N293D Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The fusion protein of MBP-tag (UNP Residues 27-395) and Zika virus capsid (UNP residues 24-98). Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Strain: B / BL21-DE3, Mr 766 / Gene: ECBD_4002 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A140NCD0, UniProt: A0A1D9C0W3, UniProt: P0AEX9*PLUS #2: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 4.6 Details: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 8% w/v Polyethylene glycol 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jan 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 46037 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 6.1 % / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1SFK, 1EZ9 Resolution: 2.913→46.363 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.913→46.363 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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