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- PDB-5z0c: Nerol dehydrogenase from Persicaria minor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z0c
タイトルNerol dehydrogenase from Persicaria minor
要素Nerol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nerol dehydrogenase / Persicaria minor / citral biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / lignin biosynthetic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Nerol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Persicaria minor (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Tan, C.S. / Ng, C.L. / Zainal, Z.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Universiti Kebangsaan MalaysiaDIP-2016-016 マレーシア
引用ジャーナル: Plant Physiol. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Structural and kinetic studies of a novel nerol dehydrogenase from Persicaria minor, a nerol-specific enzyme for citral biosynthesis.
著者: Tan, C.S. / Hassan, M. / Mohamed Hussein, Z.A. / Ismail, I. / Ho, K.L. / Ng, C.L. / Zainal, Z.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7896
ポリマ－40,3961
非ポリマー3935
水7,008389
1
A: Nerol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Nerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,57912
ポリマ－80,7922
非ポリマー78610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area31040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.000, 54.030, 79.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nerol dehydrogenase


分子量: 40396.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Persicaria minor (植物) / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7JYU1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: HEPES sodium, propanol, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→79.37 Å / Num. obs: 52988 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.357 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 13.03
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.54-1.582.3690.5951.773360.6110.7696.8
1.58-1.622.3410.4672.0971250.6930.59696.4
1.62-1.672.2610.3932.4167920.7720.50695.2
1.67-1.722.350.3422.9166440.8220.43795.4
1.72-1.782.3960.263.865700.8880.3397.5
1.78-1.842.370.1885.0263850.9410.23897.3
1.84-1.912.3260.1426.3560940.9640.1897.3
1.91-1.992.2510.117.8258000.9760.14295.7
1.99-2.082.3510.08510.1255490.9860.10895.4
2.08-2.182.4050.06612.6654200.9920.08498
2.18-2.32.4050.05315.4251310.9940.06797.5
2.3-2.432.3560.04617.0548750.9960.05897.5
2.43-2.62.2990.03819.8644740.9970.04995.2
2.6-2.812.4420.03224.1542340.9980.0497.4
2.81-3.082.4580.02728.6339410.9980.03497.9
3.08-3.442.3790.02433.6135320.9980.0397.1
3.44-3.982.2860.01939.2430340.9990.02494.4
3.98-4.872.4720.01744.2626220.9990.02297.5
4.87-6.892.3420.01841.6520130.9990.02396.1
6.89-79.372.4720.01747.8811090.9990.02195.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yqd

1yqd


解像度: 1.54→79.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.706 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.075
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 2691 5.1 %RANDOM
Rwork0.1484 ---
obs0.1504 50260 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.91 Å2 / Biso mean: 22.32 Å2 / Biso min: 11.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→79.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 0 18 389 3192
Biso mean--35.64 36.32 -
残基数----367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0821.9633963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96336484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97923.894113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43815481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8351511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02636
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 194 -
Rwork0.266 3667 -
all-3861 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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