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- PDB-5yzv: Biophysical and structural characterization of the thermostable W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yzv
タイトルBiophysical and structural characterization of the thermostable WD40 domain of a prokaryotic protein, Thermomonospora curvata PkwA
要素Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
キーワードPROTEIN BINDING / prokaryotic / thermostable / reversible folding
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat ...WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Protein kinase domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, D.Y. / Shen, C. / Du, Y. / Qiao, F.F. / Kong, T. / Yuan, L.R. / Zhang, D.L. / Wu, X.H. / Wu, Y.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21133002 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Biophysical and structural characterization of the thermostable WD40 domain of a prokaryotic protein, Thermomonospora curvata PkwA
著者: Shen, C. / Du, Y. / Qiao, F. / Kong, T. / Yuan, L. / Zhang, D. / Wu, X. / Li, D. / Wu, Y.D.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
B: Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
C: Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
D: Probable serine/threonine-protein kinase PkwA
E: Probable serine/threonine-protein kinase PkwA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,9845
ポリマ－159,9845
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, possible pentamer formed by association of PkwA molecules
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.687, 107.257, 110.267
Angle α, β, γ (deg.)78.77, 89.33, 88.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA451 - 73811 - 298
21ASNASNPROPROBB451 - 73811 - 298
12GLUGLUPROPROAA449 - 7389 - 298
22GLUGLUPROPROCC449 - 7389 - 298
13GLUGLUPROPROAA449 - 7389 - 298
23GLUGLUPROPRODD449 - 7389 - 298
14GLUGLUPROPROAA452 - 73812 - 298
24GLUGLUPROPROEE452 - 73812 - 298
15ASNASNTRPTRPBB451 - 73711 - 297
25ASNASNTRPTRPCC451 - 73711 - 297
16ASNASNPROPROBB451 - 73811 - 298
26ASNASNPROPRODD451 - 73811 - 298
17ASNASNPROPROBB451 - 73811 - 298
27ASNASNPROPROEE451 - 73811 - 298
18GLUGLUPROPROCC449 - 7389 - 298
28GLUGLUPROPRODD449 - 7389 - 298
19GLUGLUPROPROCC452 - 73812 - 298
29GLUGLUPROPROEE452 - 73812 - 298
110GLUGLUPROPRODD452 - 73812 - 298
210GLUGLUPROPROEE452 - 73812 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.130477, 0.180498, -0.974883), (0.085575, -0.977569, -0.192448), (-0.987751, -0.108535, 0.112104)9.12894, 22.8981, 17.43775

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要素

#1: タンパク質
Probable serine/threonine-protein kinase PkwA


分子量: 31996.855 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 441-742 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
遺伝子: pkwA, pkw1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P49695, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, and 2.0 M Ammonium sulfate with additive from Hampton Research Silver Bullet additive Kit.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 62971 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 11.33
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 24.147 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.716 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25912 2665 4.9 %RANDOM
Rwork0.22474 ---
obs0.22645 51766 90.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20.6 Å2-0.15 Å2
2---0.56 Å2-1.36 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10697 0 0 230 10927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.01910951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.029806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1261.91814992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.319322536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12251429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15123.688480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.344151491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3291562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.022522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4852.5485737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4842.5485736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4223.8147159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4223.8147160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9063.2365214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9063.2355214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.9944.637833
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.52623.40512434
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.52223.3412395
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1010A2338tight positional1.170.1
11A2349tight thermal8.331
22A2336tight thermal8.661
33A2348tight thermal4.691
44A2341tight thermal7.281
55B2370tight thermal7.491
66B2346tight thermal7.651
77B2413tight thermal5.591
88C2334tight thermal7.911
99C2371tight thermal7.611
1010D2338tight thermal6.621
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 136 -
Rwork0.28 3036 -
obs--71.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67450.06860.04710.8169-0.29380.78230.04850.08220.04610.05150.02480.0513-0.0701-0.0406-0.07330.0172-0.00250.01070.16950.13270.124429.7159-0.1006-4.0968
21.58270.3659-0.41990.9406-0.40340.91330.03920.0135-0.03490.0628-0.01880.0147-0.06610.0459-0.02040.00880.00610.0150.09860.11210.14216.66728.3303-18.3634
31.3194-0.03670.37150.7156-0.43691.39330.02330.05450.0093-0.01260.0114-0.02380.04440.0128-0.03470.0179-0.0010.01780.19990.11520.095123.091954.5099-48.7304
41.3189-0.07250.51510.6550.11171.79620.0342-0.10230.081-0.0340.0025-0.01710.0871-0.0482-0.03670.0263-0.00750.01610.19420.09440.080336.328562.6746-79.4668
50.6012-0.03390.43851.26690.55051.0108-0.02240.12050.00260.14080.0729-0.10110.12830.085-0.05050.0406-0.00870.00270.15010.04870.068942.448771.2107-12.0524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A448 - 738
2X-RAY DIFFRACTION2B451 - 738
3X-RAY DIFFRACTION3C449 - 738
4X-RAY DIFFRACTION4D449 - 738
5X-RAY DIFFRACTION5E451 - 738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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