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- PDB-5yzp: Crystal structure of p204 HINa domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yzp
タイトルCrystal structure of p204 HINa domain
要素Ifi204
キーワードIMMUNE SYSTEM / DNA sensor / pattern recognition receptors / type I-IFN / PYHIN family / AIM-2 like receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interferon-alpha / nuclear inclusion body / inner ear development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / positive regulation of osteoblast differentiation / activation of innate immune response / Neutrophil degranulation / response to bacterium / transcription coregulator activity ...cellular response to interferon-alpha / nuclear inclusion body / inner ear development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / positive regulation of osteoblast differentiation / activation of innate immune response / Neutrophil degranulation / response to bacterium / transcription coregulator activity / double-stranded DNA binding / nuclear speck / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ifi204 / Interferon-activable protein 204
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus domesticus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.581 Å
データ登録者Jin, T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism of DNA recognition by the p204 HIN domain.
著者: Fan, X. / Jiang, J. / Zhao, D. / Chen, F. / Ma, H. / Smith, P. / Unterholzner, L. / Xiao, T.S. / Jin, T.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ifi204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6565
ポリマ－23,4111
非ポリマー2454
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.930, 104.210, 90.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

21A-699-

HOH

31A-777-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ifi204


分子量: 23410.787 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 237-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus domesticus (ハツカネズミ)
遺伝子: Ifi204 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1Z3MI45, UniProt: P0DOV2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 23% PEG4000, 0.2M Ammonium Acetate, 100 mM NaAcO pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 37551 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.66 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 20.45
反射 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 5887 / CC1/2: 0.899 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OQ0

2oq0


解像度: 1.581→44.178 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1807 4.81 %
Rwork0.1836 --
obs0.1849 37536 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.581→44.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 16 194 1754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8432206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6471358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.581-1.62380.35711490.32822588X-RAY DIFFRACTION96
1.6238-1.67150.30921380.27212725X-RAY DIFFRACTION100
1.6715-1.72550.28371480.23762717X-RAY DIFFRACTION100
1.7255-1.78720.22941410.20532736X-RAY DIFFRACTION100
1.7872-1.85870.21471280.18752757X-RAY DIFFRACTION100
1.8587-1.94330.21481470.18662736X-RAY DIFFRACTION100
1.9433-2.04580.20611350.18162735X-RAY DIFFRACTION100
2.0458-2.17390.20741680.17952713X-RAY DIFFRACTION100
2.1739-2.34180.21071310.18692778X-RAY DIFFRACTION100
2.3418-2.57740.23441130.19762802X-RAY DIFFRACTION100
2.5774-2.95030.24211590.19262761X-RAY DIFFRACTION100
2.9503-3.71680.19191530.16692796X-RAY DIFFRACTION100
3.7168-44.1950.1629970.16532885X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3687-0.17930.07540.18050.14280.3216-0.04810.001-0.06350.06890.0857-0.00440.0772-0.013400.21020.0113-0.01820.18170.00370.24356.5019-16.8228-0.8669
20.70490.267-0.0420.7261-0.1125-0.12820.0694-0.11990.11260.0549-0.00040.11040.04210.04530.00010.1992-0.03370.00450.2021-0.00070.2043-5.6657-18.3055-1.9689
30.4219-0.07580.2660.15210.0940.25060.1015-0.40690.11610.2798-0.2920.1443-0.15110.0112-0.00010.2605-0.01740.0170.241-0.04410.2425-3.1487-9.88693.8064
41.475-0.79580.43620.7479-0.59210.5456-0.0991-0.0781-0.02560.15750.1168-0.13560.03380.03120.00010.2351-0.001-0.01080.1988-0.00260.20775.8416-14.75781.7784
50.3001-0.13150.34590.1099-0.22110.352-0.00480.07810.20310.112-0.0130.1479-0.134-0.0147-00.3055-0.04650.01740.26380.01850.2192-0.1415-12.3985-19.6993
60.45170.139-0.570.0464-0.16930.76-0.04420.14920.0837-0.15630.17480.00660.1861-0.2521-00.2532-0.0316-0.02350.28510.07760.2561-12.4635-18.7874-19.4022
70.8019-0.07430.16680.230.06680.1040.01220.46170.2146-0.0360.15410.12090.1065-0.52470.00240.2521-0.03130.02950.38470.07730.2471-19.967-18.8536-18.268
82.2671-0.38940.02210.8273-0.99361.2303-0.08550.3189-0.2331-0.20230.15140.15080.335-0.2803-0.02250.3505-0.0795-0.01780.2869-0.00370.2261-11.4991-23.8561-18.6372
90.56850.029-0.28790.32330.0090.4437-0.00620.05720.2349-0.10120.04410.0502-0.2292-0.32760.00380.31720.01540.00090.28180.03670.2796-14.8193-15.1164-10.3295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 221 through 236 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 237 through 268 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 281 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 282 through 315 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 316 through 333 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 334 through 351 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 352 through 384 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 385 through 403 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 404 through 415 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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