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- PDB-5yzd: Crystal structure of the prefusion form of measles virus fusion p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yzd
タイトルCrystal structure of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with a fusion inhibitor peptide (FIP)
要素
  • (glycoprotein ...) x 2
  • peptide CBZ-DPN-PHE-GLY
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / glycoprotein / viral protein / fusion protein / paramyxovirus / inhibitor / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Measles virus (ウイルス)
Sendai virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.636 Å
データ登録者Hashiguchi, T. / Fukuda, Y. / Matsuoka, R. / Kuroda, D. / Kubota, M. / Shirogane, Y. / Watanabe, S. / Tsumoto, K. / Kohda, D. / Plemper, R.K. / Yanagi, Y.
資金援助 日本, 米国, 5件
組織認可番号国
MEXT17K19562 日本
MEXT24115005 日本
AMED17fm0208022h0001 日本
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI071002 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HD079327 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors.
著者: Hashiguchi, T. / Fukuda, Y. / Matsuoka, R. / Kuroda, D. / Kubota, M. / Shirogane, Y. / Watanabe, S. / Tsumoto, K. / Kohda, D. / Plemper, R.K. / Yanagi, Y.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycoprotein F2
C: glycoprotein F1,measles virus fusion protein
B: peptide CBZ-DPN-PHE-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6185
ポリマ－55,9723
非ポリマー6462
水70339
1
A: glycoprotein F2
C: glycoprotein F1,measles virus fusion protein
B: peptide CBZ-DPN-PHE-GLY
ヘテロ分子

A: glycoprotein F2
C: glycoprotein F1,measles virus fusion protein
B: peptide CBZ-DPN-PHE-GLY
ヘテロ分子

A: glycoprotein F2
C: glycoprotein F1,measles virus fusion protein
B: peptide CBZ-DPN-PHE-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,85315
ポリマ－167,9179
非ポリマー1,9376
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.407, 170.407, 170.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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Glycoprotein ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 glycoprotein F2


分子量: 10524.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Measles virus (strain Ichinose-B95a) (ウイルス)
株: Ichinose-B95a / Cell (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q786F3
#2: タンパク質 glycoprotein F1,measles virus fusion protein


分子量: 44925.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of glycoprotein F1,measles virus fusion protein and Tags
由来: (組換発現) Measles virus (strain Ichinose-B95a) (ウイルス), (組換発現) Measles virus (ウイルス)
株: Ichinose-B95a, IC-B / Cell (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q786F3

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 40分子 B

#3: タンパク質・ペプチド peptide CBZ-DPN-PHE-GLY


分子量: 521.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sendai virus (ウイルス)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate, glycerol, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.636→120.496 Å / Num. obs: 24414 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.3 % / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.636→2.645 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YXW

5yxw


解像度: 2.636→85.203 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1244 5.1 %
Rwork0.1906 --
obs0.1927 24409 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.636→85.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3444 0 42 40 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3654814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6042112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6363-2.74190.3461260.27992564X-RAY DIFFRACTION100
2.7419-2.86670.30071350.24642550X-RAY DIFFRACTION100
2.8667-3.01790.27831490.23672532X-RAY DIFFRACTION100
3.0179-3.20690.30541460.2262570X-RAY DIFFRACTION100
3.2069-3.45460.27071400.21142538X-RAY DIFFRACTION100
3.4546-3.80220.2071300.1932566X-RAY DIFFRACTION100
3.8022-4.35240.19151390.16822582X-RAY DIFFRACTION100
4.3524-5.48340.19521480.15682590X-RAY DIFFRACTION100
5.4834-85.2480.2241310.17942673X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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