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- PDB-5yz7: Crystal structure of OsD14 in complex with D-ring-opened 7'-carba-4BD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yz7
タイトルCrystal structure of OsD14 in complex with D-ring-opened 7'-carba-4BD
要素Strigolactone esterase D14
キーワードHYDROLASE / Plant hormones / Plant signalling / Strigolactones / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94X / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Hirabayashi, K. / Jiang, K. / Xu, Y. / Miyakawa, T. / Asami, T. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06736 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17J04676 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K15258 日本
引用ジャーナル: Plant Cell Physiol. / 年: 2018
タイトル: Rationally Designed Strigolactone Analogs as Antagonists of the D14 Receptor.
著者: Takeuchi, J. / Jiang, K. / Hirabayashi, K. / Imamura, Y. / Wu, Y. / Xu, Y. / Miyakawa, T. / Nakamura, H. / Tanokura, M. / Asami, T.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strigolactone esterase D14
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6194
ポリマ－60,0492
非ポリマー5702
水7,837435
1
A: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3092
ポリマ－30,0241
非ポリマー2851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3092
ポリマ－30,0241
非ポリマー2851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.501, 88.795, 118.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Strigolactone esterase D14 / Protein DWARF 14 / Protein DWARF 88 / Protein HIGH-TILLERING DWARF 2


分子量: 30024.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: D14, D88, HTD2, Os03g0203200, LOC_Os03g10620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q10QA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-94X / (2Z,4S)-5-(4-bromophenyl)-4-hydroxy-2-methylpent-2-enoic acid


分子量: 285.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13BrO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 20000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→50 Å / Num. obs: 76731 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VXK

3vxk


解像度: 1.898→37.543 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 3735 4.87 %Random
Rwork0.1892 ---
obs0.1911 76731 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→37.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4102 0 32 435 4569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8625752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8271504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8978-1.92180.4941190.47982339X-RAY DIFFRACTION84
1.9218-1.94710.48611280.40262334X-RAY DIFFRACTION85
1.9471-1.97380.27131390.21672755X-RAY DIFFRACTION100
1.9738-2.0020.2351410.19552741X-RAY DIFFRACTION100
2.002-2.03190.28241380.19362736X-RAY DIFFRACTION99
2.0319-2.06360.26371400.20142733X-RAY DIFFRACTION100
2.0636-2.09740.3041410.20822762X-RAY DIFFRACTION100
2.0974-2.13360.22051400.18072751X-RAY DIFFRACTION100
2.1336-2.17240.22361420.1832738X-RAY DIFFRACTION100
2.1724-2.21420.29131400.20492772X-RAY DIFFRACTION99
2.2142-2.25940.37441270.34362477X-RAY DIFFRACTION91
2.2594-2.30850.26491250.25082563X-RAY DIFFRACTION92
2.3085-2.36220.26651400.17862734X-RAY DIFFRACTION100
2.3622-2.42120.24171380.18542781X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.48670.20121410.1792715X-RAY DIFFRACTION100
2.4867-2.55990.20821430.17522791X-RAY DIFFRACTION100
2.5599-2.64250.24711360.17872735X-RAY DIFFRACTION100
2.6425-2.73690.20641460.17682785X-RAY DIFFRACTION100
2.7369-2.84640.22271410.18282763X-RAY DIFFRACTION100
2.8464-2.97590.23181410.18812736X-RAY DIFFRACTION100
2.9759-3.13270.24051440.1792746X-RAY DIFFRACTION100
3.1327-3.32890.21311440.17312726X-RAY DIFFRACTION100
3.3289-3.58580.17851420.1642771X-RAY DIFFRACTION100
3.5858-3.94620.16731330.15722754X-RAY DIFFRACTION100
3.9462-4.51650.18031400.14252760X-RAY DIFFRACTION100
4.5165-5.68710.15891470.15552749X-RAY DIFFRACTION100
5.6871-37.55040.1831390.15032749X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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