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- PDB-5yz2: the cystathionine-beta-synthase (CBS) domain of magnesium and cob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yz2
タイトルthe cystathionine-beta-synthase (CBS) domain of magnesium and cobalt efflux protein CorC in complex with both C2'- and C3'-endo AMP
要素Magnesium and cobalt efflux protein CorC
キーワードMETAL TRANSPORT / cystathionine-beta-synthase (CBS) domain / magnesium and cobalt efflux protein / AMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily ...: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Magnesium and cobalt efflux protein CorC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Feng, N. / Qi, C. / Li, D.F. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: The C2'- and C3'-endo equilibrium for AMP molecules bound in the cystathionine-beta-synthase domain.
著者: Feng, N. / Qi, C. / Hou, Y.J. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Li, D.F.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium and cobalt efflux protein CorC
B: Magnesium and cobalt efflux protein CorC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1414
ポリマ－33,4472
非ポリマー6942
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.898, 56.290, 54.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Magnesium and cobalt efflux protein CorC


分子量: 16723.404 Da / 分子数: 2 / 断片: Cystathionine-beta-synthase (CBS) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: corC, ybeX, b0658, JW0655 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE78
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 25% PEG 3350, 0.2M Nacl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 29796 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.04
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Num. unique obs: 2139 / CC1/2: 0.823 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HG0

4hg0


解像度: 1.75→48.954 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 1996 6.7 %Random selection
Rwork0.2089 ---
obs0.2106 29793 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 46 155 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7592987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9311383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.33481390.28991908X-RAY DIFFRACTION97
1.7938-1.84230.30861450.27551965X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.89650.30981430.25671993X-RAY DIFFRACTION100
1.8965-1.95770.32571370.24941979X-RAY DIFFRACTION100
1.9577-2.02770.27071500.23231990X-RAY DIFFRACTION100
2.0277-2.10890.25371410.23021988X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.20480.24311420.22121947X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.32110.2171430.23292003X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.46650.28251450.22482003X-RAY DIFFRACTION100
2.4665-2.65690.21361370.22641972X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-2.92430.25511440.22282001X-RAY DIFFRACTION99
2.9243-3.34740.23311390.20731995X-RAY DIFFRACTION99
3.3474-4.2170.21461380.18262012X-RAY DIFFRACTION100
4.217-48.97330.21641530.19062041X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0745-0.04170.03530.02360.01250.0395-0.19180.3118-0.4833-0.21960.0488-0.93310.37250.544-0.00250.27210.01070.03440.4130.0570.556534.502810.45616.3374
21.62910.21240.78440.7723-0.4231.6934-0.02350.36860.2122-0.28980.10030.0219-0.4087-0.11980.00240.34390.03890.0020.26290.03480.26888.409115.118-0.9422
31.18360.45060.34460.60010.55930.9527-0.2-0.0155-0.1246-0.0848-0.0363-0.1665-0.12610.15530.00010.29-0.00210.0310.26880.03150.262626.843414.77727.1833
40.25920.03940.02220.0416-0.00750.0046-0.0508-0.50160.08640.07390.2411-0.46460.21060.95620.01380.5875-0.1568-0.11830.8060.0610.672425.16986.020133.7432
50.15390.00870.08090.2381-0.04350.1394-0.2097-0.39780.47561.046-0.11750.0356-0.6855-0.1349-0.00070.4679-0.1035-0.02080.3893-0.03350.345311.601712.297933.429
60.08660.07190.02660.0891-0.05170.00450.2958-0.04160.11580.0647-0.20160.23430.5538-0.7866-0.00050.3541-0.053-0.04030.4305-0.03790.4525-4.640411.546123.8159
70.6298-0.05090.23990.83880.20550.50780.1909-0.27080.65450.7494-0.220.0992-0.3427-0.3207-0.00190.34430.03560.05080.3276-0.00960.3846-1.32613.063722.1711
80.0601-0.12190.13160.0319-0.12560.09190.08010.14650.07220.1415-0.3132-0.01290.18820.1835-0.00020.25220.0191-0.01080.33690.01730.3012-0.30956.534714.2278
90.44930.35-0.70910.7232-0.69120.8191-0.15510.43480.12790.0264-0.0610.1051-0.0479-0.0338-0.02030.2390.0054-0.06930.3598-0.01210.33511.0072.736118.9051
100.4965-0.4981-0.01750.9543-0.20680.3545-0.1626-0.1303-0.40130.0794-0.24340.05120.08460.0397-0.01190.2689-0.00460.01770.3150.06340.270814.2231.250227.8048
110.22970.1487-0.42540.3720.30330.39080.09340.01160.48360.08310.1768-0.04630.0114-0.24340.02780.3296-0.0227-0.00660.28310.00010.409323.000513.447425.0442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 63 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 143 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 193 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 63 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 78 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 79 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 88 through 112 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 113 through 126 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 127 through 150 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 151 through 174 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 175 through 198 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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