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- PDB-5yyl: Structure of Major Royal Jelly Protein 1 Oligomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyl
タイトルStructure of Major Royal Jelly Protein 1 Oligomer
要素
  • Apisimin
  • Major royal jelly protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Royal jelly
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism adhesion to substrate / caste determination, influence by environmental factors / rhabdomere / sterol binding / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / cytoskeleton / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major royal jelly protein/protein yellow / Major royal jelly protein / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / Major royal jelly protein 1 / Apisimin
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Tian, W. / Chen, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFC1200400 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Architecture of the native major royal jelly protein 1 oligomer.
著者: Tian, W. / Li, M. / Guo, H. / Peng, W. / Xue, X. / Hu, Y. / Liu, Y. / Zhao, Y. / Fang, X. / Wang, K. / Li, X. / Tong, Y. / Conlon, M.A. / Wu, W. / Ren, F. / Chen, Z.
履歴
登録2017年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major royal jelly protein 1
B: Major royal jelly protein 1
C: Apisimin
D: Apisimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,00910
ポリマ－113,7684
非ポリマー2,2406
水2,594144
1
A: Major royal jelly protein 1
B: Major royal jelly protein 1
C: Apisimin
D: Apisimin
ヘテロ分子

A: Major royal jelly protein 1
B: Major royal jelly protein 1
C: Apisimin
D: Apisimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,01720
ポリマ－227,5378
非ポリマー4,48112
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area15820 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area68590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.582, 211.582, 149.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

21A-667-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUAA28 - 43228 - 432
21ASNASNLEULEUBB28 - 43228 - 432
12ASPASPVALVALCC37 - 7637 - 76
22ASPASPVALVALDD37 - 7637 - 76

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Major royal jelly protein 1 / MRJP-1 / 56-kDa protein 4 / p56kP-4 / Bee-milk protein / Royalactin


分子量: 48934.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: O18330
#2: タンパク質 Apisimin / Apisimin / Uncharacterized protein


分子量: 7949.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: Q8ISL8

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][<C4N1O2>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 148分子

#4: 化合物
ChemComp-94R / (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / 24-methylenecholesterol / 24-メチレンコレステロ-ル


分子量: 398.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H46O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 37682 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 20.46
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Rsym value: 3.019

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 14.932 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1605 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.241 30696 86.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 146 144 6562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.9718929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.952313136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5255846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26824.793242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93615921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9725.0053436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9725.0053435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9857.4744262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9847.4744263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4034.7643117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4024.7653118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0947.134668
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.07556.7496857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.07556.7536858
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A194200.08
12B194200.08
21C22220.06
22D22220.06
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 14 -
Rwork0.345 275 -
obs--10.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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