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- PDB-5yy0: Crystal structure of the HyhL-HypA complex (form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yy0
タイトルCrystal structure of the HyhL-HypA complex (form II)
要素
  • Cytosolic NiFe-hydrogenase, alpha subunit
  • Probable hydrogenase nickel incorporation protein HypA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Hydrogenase / Maturation / HyhL / HypA
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / protein maturation / protein modification process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase ...hypothetical protein PF0899 fold - #50 / Hydrogenase maturation factor HypA/HybF / Hydrogenase nickel incorporation protein HypA/HybF, conserved site / Hydrogenase/urease nickel incorporation, metallochaperone, hypA / Hydrogenases expression/synthesis hypA family signature. / hypothetical protein PF0899 fold / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogenase maturation factor HypA / Cytosolic NiFe-hydrogenase, alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.243 Å
データ登録者Kwon, S. / Watanabe, S. / Nishitani, Y. / Miki, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26291012 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17H03642 日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a [NiFe] hydrogenase large subunit HyhL in an immature state in complex with a Ni chaperone HypA.
著者: Kwon, S. / Watanabe, S. / Nishitani, Y. / Kawashima, T. / Kanai, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic NiFe-hydrogenase, alpha subunit
B: Probable hydrogenase nickel incorporation protein HypA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1303
ポリマ－64,0642
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.046, 132.046, 132.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic NiFe-hydrogenase, alpha subunit / Sulfhydrogenase alpha subunit


分子量: 48352.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: hydA, TK2069 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NKS2
#2: タンパク質 Probable hydrogenase nickel incorporation protein HypA


分子量: 15711.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: hypA, TK2008 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5JIH3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M NaCl, 0.1M MgCl2, 12% PEG 3350, 0.1M imidazole-HCl (pH 6.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.243→44.015 Å / Num. obs: 12459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 3.243→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 1.622

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.243→44.015 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 47.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3137 625 5.02 %
Rwork0.29 --
obs0.2918 12451 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.243→44.015 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3721 0 1 0 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7935158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9521264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2429-3.56910.4371650.36662917X-RAY DIFFRACTION95
3.5691-4.08520.37461450.35962919X-RAY DIFFRACTION95
4.0852-5.14570.361540.31592940X-RAY DIFFRACTION95
5.1457-44.01940.25571610.24883050X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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