[日本語] English
万見
- PDB-5yxh: Structure of Rheb-GDP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yxh
タイトルStructure of Rheb-GDP
要素GTP-binding protein Rheb
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase / mTORC1 signaling / Rheb
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / protein kinase activator activity / positive regulation of TOR signaling / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TORC1 signaling / endomembrane system / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / spliceosomal complex / response to virus / GDP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein Rheb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Mahoney, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A small molecule inhibitor of Rheb selectively targets mTORC1 signaling.
著者: Mahoney, S.J. / Narayan, S. / Molz, L. / Berstler, L.A. / Kang, S.A. / Vlasuk, G.P. / Saiah, E.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein Rheb
B: GTP-binding protein Rheb
C: GTP-binding protein Rheb
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,97412
ポリマ－77,1044
非ポリマー1,8708
水2,648147
1
A: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7433
ポリマ－19,2761
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7433
ポリマ－19,2761
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7433
ポリマ－19,2761
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7433
ポリマ－19,2761
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.166, 58.963, 64.345
Angle α, β, γ (deg.)110.53, 90.03, 108.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
GTP-binding protein Rheb / Ras homolog enriched in brain


分子量: 19275.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHEB, RHEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15382
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→59.8 Å / Num. obs: 37982 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTQ

1xtq


解像度: 2.04→59.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 8.541 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29862 1807 4.8 %RANDOM
Rwork0.24382 ---
obs0.24636 36174 91.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20.78 Å20.01 Å2
2--1.54 Å2-0.22 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→59.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 116 147 5424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.9887241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.729311901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6725.256234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49215987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2991520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7384.0252595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7384.0252594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1066.0133228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1066.0133229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2784.1772785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2674.1812760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2486.2224001
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.18931.516037
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.16731.4916010
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 125 -
Rwork0.338 2577 -
obs--86.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る