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- PDB-5yx6: Crystal structure of Rv3272 from M. tuberculosis orthorhombic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yx6
タイトルCrystal structure of Rv3272 from M. tuberculosis orthorhombic form
要素Uncharacterized protein Rv3272
キーワードTRANSFERASE / Rv3272 / CoA transferase / fatty acid metabolism / tuberculosis
機能・相同性転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / : / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / transferase activity / BENZAMIDINE / Probable fatty acyl-CoA transferase Rv3272
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ansari, A. / Shrimant, K.S. / Venkatesh Pratap, J.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Rv3272 encodes a novel Family III CoA transferase that alters the cell wall lipid profile and protects mycobacteria from acidic and oxidative stress.
著者: Karade, S.S. / Pandey, S. / Ansari, A. / Das, S. / Tripathi, S. / Arora, A. / Chopra, S. / Pratap, J.V. / Dasgupta, A.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv3272
B: Uncharacterized protein Rv3272
C: Uncharacterized protein Rv3272
D: Uncharacterized protein Rv3272
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,41517
ポリマ－170,0224
非ポリマー1,39413
水6,269348
1
A: Uncharacterized protein Rv3272
B: Uncharacterized protein Rv3272
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,88810
ポリマ－85,0112
非ポリマー8778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein Rv3272
D: Uncharacterized protein Rv3272
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5277
ポリマ－85,0112
非ポリマー5175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.261, 101.922, 241.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein Rv3272 / Family III CoA transferase


分子量: 42505.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3272 / 発現宿主: Escherichia coli Bl21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P96877
#2: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % / 解説: elongated plate-like
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200mM Disodium hydrogen phosphate, 22% PEG 3350, 2% Benzamidine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.95 Å / Num. obs: 114403 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 5.16 % / Biso Wilson estimate: 36.29 Å2 / CC1/2: 0.672 / Rsym value: 0.174 / Net I/σ(I): 7.28
反射 シェル解像度: 1.87→1.99 Å / CC1/2: 0.25 / Rsym value: 3.5 / % possible all: 21.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YIT

5yit


解像度: 2.2→46.95 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1522 1.84 %
Rwork0.211 --
obs0.212 82809 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10572 0 99 348 11019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07314847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9823892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2710.61441140.58815912X-RAY DIFFRACTION78
2.271-2.35220.44981160.4516203X-RAY DIFFRACTION82
2.3522-2.44630.32521410.29387542X-RAY DIFFRACTION99
2.4463-2.55770.29491410.25597586X-RAY DIFFRACTION99
2.5577-2.69250.32011420.24387577X-RAY DIFFRACTION99
2.6925-2.86120.30671430.23597629X-RAY DIFFRACTION99
2.8612-3.08210.24691430.21877660X-RAY DIFFRACTION100
3.0821-3.39210.27971440.20327674X-RAY DIFFRACTION100
3.3921-3.88280.21611420.18717660X-RAY DIFFRACTION99
3.8828-4.89110.1851460.14627801X-RAY DIFFRACTION99
4.8911-46.95640.18011500.16178043X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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