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万見
- PDB-5ywi: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD Truncated mutant c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywi
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD Truncated mutant complexed with NTBC
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / nitisinone / Type 1 Tyrosinemia / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin E biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / plastoquinone biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / carotenoid biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / chloroplast / iron ion binding / mitochondrion ...vitamin E biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / plastoquinone biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / carotenoid biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / chloroplast / iron ion binding / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NTD / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Yang, W.C. / Chen, J.N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21672079 中国
National Science Foundation (China)21332004 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD Truncated mutant complexed with NTBC
著者: Yang, W.C. / Chen, J.N.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0753
ポリマ－45,6861
非ポリマー3882
水1267
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1496
ポリマ－91,3732
非ポリマー7764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.601, 83.568, 64.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / HPPDase


分子量: 45686.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NTD / 2-{HYDROXY[2-NITRO-4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]METHYLENE}CYCLOHEXANE-1,3-DIONE


分子量: 329.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10F3NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 291.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-HCl-Bicine pH8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 0.03M NaF, 0.03M NaBr, 0.03M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→30 Å / Num. obs: 11361 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 20.36
反射 シェル解像度: 2.58→2.64 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 504 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.314 / Rrim(I) all: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TFZ

1tfz


解像度: 2.58→29.776 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2872 550 4.85 %Random selection
Rwork0.2537 ---
obs0.2553 11342 89.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→29.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2641 0 24 7 2672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7133720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.533928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.262421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.83950.3681160.33152567X-RAY DIFFRACTION85
2.8395-3.24990.34611500.30592768X-RAY DIFFRACTION93
3.2499-4.09290.29591420.26452755X-RAY DIFFRACTION91
4.0929-29.77790.25411420.22222702X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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