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- PDB-5yw3: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yw3
タイトルX-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant
要素Pseudoazurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRNASPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Sakai, C. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science22550145 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant
著者: Yamaguchi, T. / Sakai, C. / Kohzuma, T.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin
B: Pseudoazurin
C: Pseudoazurin
D: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,60511
ポリマ－52,2444
非ポリマー3617
水15,043835
1
A: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1252
ポリマ－13,0611
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
2
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1603
ポリマ－13,0611
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6450 Å2
手法PISA
3
C: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1603
ポリマ－13,0611
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
4
D: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1603
ポリマ－13,0611
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.699, 51.227, 57.723
Angle α, β, γ (deg.)88.88, 77.16, 86.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Pseudoazurin / Blue copper protein


分子量: 13061.016 Da / 分子数: 4 / 変異: T36K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
遺伝子: bcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19567
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM Tris-HCl, 38% PEG4000, 40mg/mL protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 117085 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.19-1.213.60.34255380.542189.7
1.21-1.233.90.35157190.623191.1
1.23-1.2640.32656420.638191.4
1.26-1.2840.29357240.665191.7
1.28-1.3140.26457320.679192.1
1.31-1.3440.2457410.703192.3
1.34-1.3740.22157620.736192.8
1.37-1.4140.19357960.706193.2
1.41-1.4540.18158120.787193.5
1.45-1.540.1558370.78193.9
1.5-1.5540.12858810.806194.2
1.55-1.6240.11358550.838194.7
1.62-1.6940.10459120.87195.1
1.69-1.7840.08959550.926195.6
1.78-1.8940.07459551.009195.8
1.89-2.0340.06559981.18196.4
2.03-2.2440.05960391.321196.8
2.24-2.563.90.05860281.454197.4
2.56-3.233.90.05361131.57197.8
3.23-503.80.05760462.53197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BQK

1bqk


解像度: 1.19→24.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17297 5906 5 %RANDOM
Rwork0.12657 ---
obs0.12886 111149 93.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.02 Å20.1 Å2
2--0.04 Å20.04 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.19→24.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 7 835 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0194023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5331.9775442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1923.0019103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0455549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7626.389144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27615718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.432154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0214595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6270.8282124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6280.8282123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8881.252697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8881.252698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3861.0431899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3861.0431896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7811.462744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.93813.0244726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.77112.6494647
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.94337904
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.8435528
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.81858266
LS精密化 シェル解像度: 1.188→1.219 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 463 -
Rwork0.261 7545 -
obs--87.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0121-0.0041-0.00530.04160.0070.0263-0.0004-0.00110.00010.0018-0.00070.00280.00150.00050.00110.00090.0003-0.00140.0006-0.00080.00320.01930.89670.5636
20.02670.00550.00730.0174-0.00030.02280.00060.00060-0.0009-0.0007-0.0003-0.0004-0.00050.00010.00080.0006-0.00140.001-0.00110.00317.016326.33822.3923
30.03270.007-0.01220.0160.0140.04990.00020.0010.00090.0002-0.0007-0.0003-0.0006-0.00010.00050.00090.0005-0.00170.0008-0.00090.003419.574941.636527.1666
40.0088-0.00230.00080.0135-0.00070.04530.0003-0.0010.0003-0.00030.00080.00030.00080.001-0.00110.00110.0003-0.0020.0002-0.00060.003814.755516.542832.2754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 492
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 508
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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