PDB-5yw2: Crystal structure of Adenine phosphoribosyltransferase from Franc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yw2

タイトル

Crystal structure of Adenine phosphoribosyltransferase from Francisella tularensis.

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of APRT from Francisella tularensis - an N-H···N hydrogen bond imparts adenine specificity in adenine phosporibosyltransferases.
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2017年11月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yw2.cif.gz	281.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yw2.ent.gz	229.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yw2_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yw2_full_validation.pdf.gz	479.3 KB	表示
XML形式データ	5yw2_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	5yw2_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/5yw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/5yw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yw5C 4mb6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y07-d 5yw5-1 5a7v-2 5yw5-2 4m0k-2 1ore-1 1l1q-1 6fch-d 5b6h-1 6zdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

C: Adenine phosphoribosyltransferase

B: Adenine phosphoribosyltransferase

D: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

77.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine phosphoribosyltransferase

B: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Adenine phosphoribosyltransferase

D: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.168, 82.147, 170.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

1. Density close to residue Arg63 is modeled as chlorine ion in all the four chains based only on the experimental density and the environment. 2. Disordered density near PRPP binding site cannot be modeled.

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 19290.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: apt / プラスミド: LIC-PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0E2ZLA9, UniProt: Q5NII9*PLUS, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 % / Mosaicity: 0.443 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% PEG 3350, cryo 0.5M Lithium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→35.36 Å / Num. obs: 35141 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.916 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.28-2.32	9.2	0.971	1715	0.93	0.332	0.714	100
2.32-2.36	9.1	0.628	1762	0.923	0.217	0.691	100	0.665
2.36-2.41	9.2	0.543	1715	0.941	0.186	0.707	100	0.575
2.41-2.46	9.1	0.494	1776	0.945	0.17	0.695	100	0.523
2.46-2.51	9.2	0.408	1715	0.978	0.14	0.704	100	0.432
2.51-2.57	9.1	0.335	1748	0.983	0.115	0.739	100	0.355
2.57-2.63	9.2	0.288	1709	0.976	0.099	0.768	100	0.305
2.63-2.7	9.1	0.241	1780	0.983	0.083	0.766	100	0.255
2.7-2.78	9.2	0.181	1728	0.992	0.063	0.82	100	0.192
2.78-2.87	9.1	0.154	1758	0.994	0.053	0.824	100	0.163
2.87-2.98	9.1	0.137	1766	0.995	0.047	0.895	100	0.145
2.98-3.09	9.1	0.105	1738	0.997	0.036	0.932	100	0.111
3.09-3.24	9.1	0.087	1768	0.997	0.03	1.035	100	0.093
3.24-3.41	9	0.071	1782	0.998	0.025	1.065	100	0.075
3.41-3.62	8.7	0.063	1577	0.998	0.022	1.22	89	0.067
3.62-3.9	8.3	0.071	1745	0.997	0.025	1.223	98.4	0.075
3.9-4.29	8.9	0.063	1789	0.998	0.022	1.124	100	0.066
4.29-4.91	8.8	0.066	1820	0.997	0.023	1.338	100	0.07
4.91-6.19	8.7	0.053	1819	0.998	0.019	1.066	100	0.057
6.19-35.36	8	0.037	1931	0.999	0.014	1.072	99	0.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MB6

4mb6

解像度: 2.28→35.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 16.872 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25875	1729	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20195	-	-	-
obs	0.20481	33294	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.28→35.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5358	0	30	59	5447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.068	2	7464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	3	12592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.859	5	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.511	24.757	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.293	15	970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.464	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.296	3.15	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.293	3.149	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.765	4.704	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.765	4.706	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.554	3.472	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.55	3.469	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.215	5.049	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.058	36.074	5568
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.029	35.984	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.283→2.342 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.425	127	-
R_work	0.302	2418	-
obs	-	-	98.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3808	0.1133	-0.0216	0.0946	0.1604	0.5455	-0.1156	0.0354	0.2411	0.0201	0.0239	0.0085	0.1495	-0.1104	0.0916	0.1279	-0.041	-0.0174	0.1009	-0.0517	0.2078	21.2521	0.1394	12.6367
2	0.6233	-0.3658	0.8489	0.7238	0.4124	2.787	-0.1678	0.4623	-0.1184	0.147	-0.0716	0.2889	-0.1578	0.9694	0.2394	0.092	-0.0525	0.0284	0.4955	-0.036	0.1313	42.1469	4.3858	57.2626
3	1.5486	0.0322	-0.645	0.1864	0.3046	0.9276	-0.0927	-0.1591	0.125	0.0298	0.0692	-0.0179	0.1808	0.1721	0.0235	0.156	0.0486	-0.0055	0.0765	-0.0633	0.1999	42.9514	-3.8838	17.5007
4	0.5911	0.0175	0.4398	0.651	-0.2926	2.4497	0.1092	0.0163	-0.0958	0.0124	0.0392	0.0297	0.2836	-0.1846	-0.1484	0.1843	0.0129	-0.0424	0.068	-0.0232	0.1494	22.2601	-5.0114	62.4538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	-3 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-2 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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