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- PDB-5yvm: Crystal Structure of the archaeal halo-thermophilic Red Sea brine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yvm
タイトルCrystal Structure of the archaeal halo-thermophilic Red Sea brine pool alcohol dehydrogenase ADH/D1 bound to NZQ
要素alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-cofactor complex / dehydrogenase / NZQ / 5S6S-NADPH(OH)2 / halophilic / thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5,6-DIHYDROXY-NADP / Alcohol dehydrogenase iron-type/glycerol dehydrogenase GldA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種candidate divison MSBL1 archaeon SCGC-AAA259E19 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
Model detailsADH/D1 bound to manganese and 5S,6S-NADPH(OH)2 (NZQ)
データ登録者Groetzinger, S.W. / Strillinger, E. / Frank, A. / Eppinger, J. / Groll, M. / Arold, S.T.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
by King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)URF/1/1976-06 サウジアラビア
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Identification and Experimental Characterization of an Extremophilic Brine Pool Alcohol Dehydrogenase from Single Amplified Genomes
著者: Groetzinger, S.W. / Karan, R. / Strillinger, E. / Bader, S. / Frank, A. / Al Rowaihi, I.S. / Akal, A. / Wackerow, W. / Archer, J.A. / Rueping, M. / Weuster-Botz, D. / Groll, M. / Eppinger, J. / Arold, S.T.
履歴
登録2017年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / Experimental preparation ...Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.title
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2033
ポリマ－44,3691
非ポリマー8342
水1,892105
1
A: alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4076
ポリマ－88,7382
非ポリマー1,6694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6320 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.190, 103.720, 128.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 alcohol dehydrogenase


分子量: 44368.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) candidate divison MSBL1 archaeon SCGC-AAA259E19 (古細菌)
遺伝子: AKJ65_00115 / プラスミド: pTA963 / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 株 (発現宿主): H1895 / 参照: UniProt: A0A133UP32
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NZQ / 5,6-DIHYDROXY-NADP


分子量: 779.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H32N7O19P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 150mM Mg Acetate, 27% methyl-pentane-diol, 100mM Na cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.092 Å / Num. obs: 21120 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 2104 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bfj

3bfj


解像度: 2.12→48.092 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.78
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 625 2.96 %Random selection
Rwork0.1725 ---
obs0.174 21115 95.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.36 Å2 / Biso mean: 56.0437 Å2 / Biso min: 27.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→48.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 51 105 3211
Biso mean--49.75 53.56 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0484304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8021898
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.12-2.33330.27641390.24235121526097
2.3333-2.6710.29561550.21225125528097
2.671-3.3650.27831680.19325126529496
3.365-48.10410.17481630.14445118528193
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3309 Å / Origin y: 12.4659 Å / Origin z: 46.7351 Å
111213212223313233
T0.3877 Å2-0.0787 Å20.0966 Å2-0.2787 Å2-0.0042 Å2--0.2734 Å2
L2.3958 °20.0343 °2-0.6911 °2-1.5348 °20.0572 °2--3.0303 °2
S0.1847 Å °-0.2278 Å °0.0268 Å °0.322 Å °-0.1395 Å °0.1271 Å °0.0105 Å °-0.1498 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-2 - 400
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allN1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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