PDB-5yvk: Crystal structure of a cyclase Famc1 from Fischerella ambigua UTE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yvk

タイトル

Crystal structure of a cyclase Famc1 from Fischerella ambigua UTEX 1903

要素

cyclase

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase

機能・相同性

: / HpiC1 cyclase / metal ion binding / Chem-0HZ / 12-epi-hapalindole U synthase

機能・相同性情報

生物種

Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.292 Å

データ登録者

Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.

履歴

登録	2017年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yvk.cif.gz	105.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yvk.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yvk_validation.pdf.gz	693.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yvk_full_validation.pdf.gz	694.9 KB	表示
XML形式データ	5yvk_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	5yvk_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yvlC 5yvpC 5z53C 5z54C 5zfjC 6a8xC 6a92C 6a98C 6a99C 6a9fC 6aduC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yvp-1 6a9f-2 6a9f-1 5yvl-1 5wpu-1 5wps-1 5z54-1 6al7-2 6j03-1 5yvp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cyclase

ヘテロ分子

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cyclase

ヘテロ分子

A: cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.845, 54.845, 152.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cyclase / AmbU4 分子量: 24460.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア) プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5TER4
#2: 化合物	ChemComp-0HZ / amino({3-[(3S,8aS)-1,4-dioxooctahydropyrrolo[1,2-a]pyrazin-3-yl]propyl}amino)methaniminium / CI-4 / [cyclo-(l-Arg-d-Pro)] タイプ: peptide-like / 分子量: 254.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₀N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.58 % / Mosaicity: 0.616 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.29→25 Å / Num. obs: 67572 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.562 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.29-1.34	6.8	0.532	6491	0.93	0.201	0.571	0.465	96.6
1.34-1.39	10.8	0.495	6636	0.965	0.157	0.52	0.496	100
1.39-1.45	12.6	0.377	6708	0.98	0.111	0.393	0.546	100
1.45-1.53	12.9	0.269	6718	0.99	0.078	0.28	0.679	100
1.53-1.63	12.9	0.181	6675	0.994	0.053	0.189	0.884	100
1.63-1.75	12.9	0.129	6762	0.996	0.038	0.135	1.248	100
1.75-1.93	12.8	0.089	6758	0.998	0.026	0.093	1.845	100
1.93-2.21	12.4	0.07	6821	0.998	0.021	0.073	2.867	100
2.21-2.78	11.9	0.055	6863	0.999	0.017	0.058	3.159	100
2.78-25	11.6	0.037	7140	0.999	0.011	0.039	2.824	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.292→24.137 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	1909	2.96 %
R_work	0.1655	-	-
obs	0.1661	64567	95.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.292→24.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1526	0	20	296	1842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1591
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.396	2178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.227	905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.117	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2916-1.3377	0.2512	172	0.218	5419	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3377-1.3913	0.2235	171	0.1791	5839	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3913-1.4546	0.2258	181	0.1601	6086	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4546-1.5313	0.1874	197	0.1479	6166	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5313-1.6272	0.1841	191	0.1429	6213	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6272-1.7528	0.1765	194	0.1545	6374	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7528-1.9291	0.1839	198	0.1558	6450	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9291-2.2081	0.177	201	0.155	6574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2081-2.7813	0.1874	201	0.1763	6637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7813-24.1411	0.1861	203	0.1696	6900	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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