[日本語] English
万見
- PDB-5yv5: Crystal structure of the complex of archaeal ribosomal stalk prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yv5
タイトルCrystal structure of the complex of archaeal ribosomal stalk protein aP1 and archaeal ribosome recycling factor aABCE1.
要素
  • ATPase RIL
  • Archaeal ribosomal stalk protein aP1
キーワードTRANSLATION / Ribosome recycling / Ribosomal stalk / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translational elongation / oxidoreductase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L12, archaea / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / 60s Acidic ribosomal protein / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site ...Ribosomal protein L12, archaea / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / 60s Acidic ribosomal protein / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATPase RIL / Large ribosomal subunit protein P1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Imai, H. / Abe, T. / Miyoshi, T. / Nishikawa, S. / Ito, K. / Uchiumi, T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The ribosomal stalk protein is crucial for the action of the conserved ATPase ABCE1
著者: Imai, H. / Abe, T. / Miyoshi, T. / Nishikawa, S.I. / Ito, K. / Uchiumi, T.
履歴
登録2017年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATPase RIL
B: Archaeal ribosomal stalk protein aP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2666
ポリマ－62,3632
非ポリマー9034
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.011, 64.731, 147.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ATPase RIL


分子量: 60483.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_02505 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6V0C7
#2: タンパク質・ペプチド Archaeal ribosomal stalk protein aP1


分子量: 1879.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZJ7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.98 Å / Num. obs: 31682 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.18 % / Net I/σ(I): 21.03
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YQT

1yqt


解像度: 2.1→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.942 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24376 1714 5.1 %RANDOM
Rwork0.19439 ---
obs0.19695 31682 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4199 0 56 292 4547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1042.0025860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71339579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5085529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00523.8200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.515774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3721536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1572.8532122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1572.8512121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0164.2692649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0154.2712650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2763.0142210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2763.0142210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2124.443211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.1333.2264866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.02333.0514806
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 89 -
Rwork0.207 1851 -
obs--77.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る