[日本語] English
万見
- PDB-5yuq: The high resolution structure of chitinase (RmChi1) from the ther... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yuq
タイトルThe high resolution structure of chitinase (RmChi1) from the thermophilic fungus Rhizomucor miehei (sp P1)
要素Chintase
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Rhizomucor miehei
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fungal chitinase from Rhizomucor miehei (Native protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizomucor miehei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / Hu, S.Q. / Liu, Y.C. / Qin, Z. / Yan, Q.J. / Yang, S.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the National Science Fund for Distinguished Young Scholars31325021 中国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a chitinase (RmChiA) from the thermophilic fungus Rhizomucor miehei with a real active site tunnel.
著者: Jiang, Z. / Hu, S. / Ma, J. / Liu, Y. / Qiao, Z. / Yan, Q. / Gao, Y. / Yang, S.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chintase
B: Chintase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9242
ポリマ－82,9242
非ポリマー00
水21,7801209
1
A: Chintase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4621
ポリマ－41,4621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chintase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4621
ポリマ－41,4621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.194, 68.678, 77.347
Angle α, β, γ (deg.)116.30, 103.45, 90.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Chintase


分子量: 41461.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizomucor miehei (菌類) / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A3B6UEQ2*PLUS, chitinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 % / 解説: the triclinic space group P 1
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 8% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→30.56 Å / Num. obs: 131773 / % possible obs: 95.86 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 15.71 Å2 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.56→1.616 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 12911 / % possible all: 94.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XWF

5xwf


解像度: 1.56→30.56 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1791 9203 6.99 %
Rwork0.1626 --
obs0.1638 131726 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→30.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 0 1209 6919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1348093
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1642121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.57770.3073030.28423996X-RAY DIFFRACTION94
1.5777-1.59630.28283020.26534026X-RAY DIFFRACTION94
1.5963-1.61580.28973220.25483954X-RAY DIFFRACTION94
1.6158-1.63620.25842960.2364138X-RAY DIFFRACTION95
1.6362-1.65770.2822840.22863974X-RAY DIFFRACTION95
1.6577-1.68040.22412950.2144110X-RAY DIFFRACTION95
1.6804-1.70440.21842690.20784022X-RAY DIFFRACTION95
1.7044-1.72990.23073110.19924033X-RAY DIFFRACTION95
1.7299-1.75690.20453340.19224084X-RAY DIFFRACTION95
1.7569-1.78570.22182820.18424016X-RAY DIFFRACTION95
1.7857-1.81650.20652940.18364092X-RAY DIFFRACTION95
1.8165-1.84950.21352920.1824082X-RAY DIFFRACTION96
1.8495-1.88510.21612940.18794065X-RAY DIFFRACTION95
1.8851-1.92360.19122940.17014083X-RAY DIFFRACTION96
1.9236-1.96540.18663090.16284066X-RAY DIFFRACTION96
1.9654-2.01110.18163310.16434084X-RAY DIFFRACTION96
2.0111-2.06140.19742870.15744109X-RAY DIFFRACTION96
2.0614-2.11710.17862950.15554074X-RAY DIFFRACTION96
2.1171-2.17940.17423300.15754187X-RAY DIFFRACTION97
2.1794-2.24970.18143120.14994083X-RAY DIFFRACTION96
2.2497-2.33010.16663090.14874126X-RAY DIFFRACTION97
2.3301-2.42330.17123350.15554105X-RAY DIFFRACTION97
2.4233-2.53360.19823000.16244148X-RAY DIFFRACTION97
2.5336-2.66710.17793360.16244113X-RAY DIFFRACTION97
2.6671-2.83410.17533020.15764131X-RAY DIFFRACTION97
2.8341-3.05270.1553300.15194080X-RAY DIFFRACTION97
3.0527-3.35960.16493130.154170X-RAY DIFFRACTION97
3.3596-3.84490.14362900.13964007X-RAY DIFFRACTION94
3.8449-4.84110.14063450.1364175X-RAY DIFFRACTION99
4.8411-30.56620.16523070.15714190X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る