PDB-5yun: Crystal structure of SSB complexed with myc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yun

タイトル

Crystal structure of SSB complexed with myc

要素

Single-stranded DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Single-strand DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / enzyme activator activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Huang, Y.H. / Huang, C.Y.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of SSB complexed with inhibitor myricetin.
著者: Huang, C.Y.

履歴

登録	2017年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yun.cif.gz	96.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yun.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eygS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bhw-2 2dud-2 4trc-d 3uco-d 6irq-d 3uck-d 3ucn-d 4trb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-stranded DNA-binding protein

B: Single-stranded DNA-binding protein

C: Single-stranded DNA-binding protein

D: Single-stranded DNA-binding protein

ヘテロ分子

55.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.110, 60.110, 130.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	4 - 114	4 - 114
2	1	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	4 - 114	4 - 114
1	2	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	4 - 113	4 - 113
2	2	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	4 - 113	4 - 113
1	3	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 111	4 - 111
2	3	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	4 - 111	4 - 111
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	4 - 112	4 - 112
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	4 - 112	4 - 112
1	5	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	4 - 111	4 - 111
2	5	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	4 - 111	4 - 111
1	6	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	3 - 111	3 - 111
2	6	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	3 - 111	3 - 111

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Single-stranded DNA-binding protein / SSB 分子量: 13774.341 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: ssb, PA4232 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P40947
#2: 化合物	ChemComp-MYC / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 3,3',4',5,5',7-HEXAHYDROXYFLAVONE / MYRICETIN / CANNABISCETIN / ミリセチン分子量: 318.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25%PEG4000, 100mM MES Sodium Salt, 200mM Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→30 Å / Num. obs: 14947 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 17.29
反射シェル	解像度: 2.67→2.78 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EYG

1eyg

解像度: 2.67→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 13.081 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.07 / ESU R Free: 0.338 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25648	755	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20749	-	-	-
obs	0.20986	14163	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.67→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3246	0	46	18	3310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.946	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	3	7112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.999	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.75	23.757	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.772	15	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.307	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.54	6.575	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.54	6.575	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.581	9.815	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.579	9.815	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.918	7.56	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.916	7.565	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.187	11.08	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.995	58.662	3641
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.999	58.682	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5424	0.13
1	2	B	5424	0.13
2	1	A	5553	0.11
2	2	C	5553	0.11
3	1	A	5280	0.12
3	2	D	5280	0.12
4	1	B	5426	0.12
4	2	C	5426	0.12
5	1	B	5286	0.12
5	2	D	5286	0.12
6	1	C	5342	0.12
6	2	D	5342	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.667→2.736 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	63	-
R_work	0.291	1009	-
obs	-	-	93.22 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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