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- PDB-5yu5: Crystal structure of shaft pilin spaD from Lactobacillus rhamnosus GG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yu5
タイトルCrystal structure of shaft pilin spaD from Lactobacillus rhamnosus GG
要素Pilus assembly protein
キーワードCELL ADHESION / Pilin / spaD / probiotic / isopeptide / SpaFED pili / adhesin
機能・相同性Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / Pilus assembly protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Chaurasia, P. / Pratap, S. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR5891/BRB/10/1098/2012 インド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Bent conformation of a backbone pilin N-terminal domain supports a three-stage pilus assembly mechanism.
著者: Chaurasia, P. / Pratap, S. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilus assembly protein
B: Pilus assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0812
ポリマ－102,0812
非ポリマー00
水6,467359
1
A: Pilus assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0411
ポリマ－51,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pilus assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0411
ポリマ－51,0411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.412, 76.264, 400.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 37 - 483 / Label seq-ID: 9 - 455

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Pilus assembly protein


分子量: 51040.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG / 株: GG / 遺伝子: CCE29_10230, PY66_09460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A179XFF5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.86 % / 解説: Three dimensional plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 30% w/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→200 Å / Num. obs: 39269 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.273→2.536 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1964 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.533 / % possible all: 48.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.27→200 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.884 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.545 / ESU R Free: 0.303 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23616 1995 5.1 %RANDOM
Rwork0.20173 ---
obs0.20348 37274 50.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.27→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6863 0 0 359 7222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9439514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853314720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5925.584317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.372151142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4351522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2792.5343564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2782.5343563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2173.7964448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2173.7964449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2692.6583438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2682.6583439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1493.9285067
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.00629.3577147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.98229.3067124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26694 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.273→2.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 10 -
Rwork0.404 115 -
obs--2.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8466-0.26010.09511.30220.88576.5703-0.0559-0.06350.01410.117-0.179-0.2341-0.21370.70550.23480.3155-0.0353-0.12280.41740.07750.093512.0570.36714.738
21.6928-0.3030.0790.71291.2286.32550.044-0.22880.04820.0353-0.23820.1333-0.3432-0.49520.19410.33610.1426-0.07450.2859-0.09330.0903-6.545-2.588-10.358
31.36641.02850.24911.39321.51134.7183-0.0785-0.0265-0.074-0.1035-0.0423-0.0668-0.3302-0.13060.12090.31390.2732-0.05170.2526-0.04360.0254-1.605-14.33-46.583
41.19411.30490.92593.77120.93685.6305-0.0825-0.07760.0261-0.060.06030.06620.0894-0.23260.02220.12750.1069-0.01990.1142-0.01630.004220.93722.291116.816
50.711-0.0191-0.26231.28761.10845.5755-0.1145-0.1476-0.01520.2116-0.15540.31580.237-1.0560.270.27-0.1147-0.01850.3729-0.0350.1248.0444.10994.22
60.18-0.0465-0.02691.10531.07254.4714-0.08180.12090.0623-0.2199-0.11840.1124-0.5039-0.73470.20010.2805-0.0954-0.09220.31980.02070.048812.5460.45755.377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2A185 - 348
3X-RAY DIFFRACTION3A349 - 483
4X-RAY DIFFRACTION4B35 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5B185 - 348
6X-RAY DIFFRACTION6B349 - 486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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