PDB-5yu4: Structural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yu4

タイトル

Structural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase

要素

Lysine cyclodeaminase

キーワード

LYASE / L-lysine cyclodeaminase / Streptomyces pristinaespiralis

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine cyclodeaminase / ornithine cyclodeaminase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.144 Å

データ登録者

Min, K.J. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.

引用

ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino Butyric Acid by Lysine Cyclodeaminase.
著者: Min, K. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yu4.cif.gz	285.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yu4.ent.gz	231.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yu4_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yu4_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5yu4_validation.xml.gz	57.9 KB	表示
CIF形式データ	5yu4_validation.cif.gz	82.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yu0C 5yu1C 5yu3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yu3-1 5yu0-2 5yu1-2 5yu1-1 4qlz-d 3e3h-d 5gzm-d 1n1t-d 2ckd-d 5gzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysine cyclodeaminase

B: Lysine cyclodeaminase

C: Lysine cyclodeaminase

D: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine cyclodeaminase

B: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lysine cyclodeaminase

D: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	271.077, 64.755, 106.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-654- HOH
2	1	B-704- HOH

#1: タンパク質	Lysine cyclodeaminase 分子量: 36587.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア) 遺伝子: pipA, SPRI_0308, SPRI_7045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9UBW0, ornithine cyclodeaminase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-DAB / 2,4-DIAMINOBUTYRIC ACID / L-2,4-ジアミノ酪酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 118.134 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM CAPSO buffer (pH 9.6), 0.2M Li2SO4, 0.9M Na-K tartrate, 2% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 97978 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.144→44.626 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	4833	4.94 %
R_work	0.1627	-	-
obs	0.1645	97931	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.144→44.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10292	0	212	884	11388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	14628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.617	6384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1436-2.168	0.2501	121	0.2114	2060	X-RAY DIFFRACTION	67
2.168-2.1935	0.2418	153	0.1989	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1935-2.2202	0.2536	161	0.1985	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2202-2.2483	0.2422	154	0.2006	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2483-2.2779	0.2647	162	0.1946	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2779-2.3091	0.2444	174	0.186	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3091-2.3421	0.2375	158	0.1809	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3421-2.3771	0.2323	150	0.1834	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3771-2.4142	0.2536	159	0.1886	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4142-2.4538	0.2516	160	0.1829	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4538-2.4961	0.2629	154	0.1798	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4961-2.5415	0.2267	155	0.1776	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5415-2.5904	0.2144	157	0.1712	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6432	0.2164	163	0.1689	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6432-2.7007	0.2158	161	0.1744	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7007-2.7635	0.2287	159	0.1738	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7635-2.8326	0.2138	167	0.1713	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8326-2.9092	0.1987	167	0.1731	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9092-2.9948	0.2049	179	0.1725	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9948-3.0914	0.1832	168	0.1611	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0914-3.2019	0.2029	165	0.161	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2019-3.33	0.2135	155	0.161	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.4815	0.1883	146	0.1605	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4815-3.665	0.1839	152	0.1491	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
3.665-3.8945	0.1764	167	0.1464	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8945-4.195	0.1676	171	0.1445	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.6168	0.1564	177	0.1341	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6168-5.2839	0.1638	185	0.1453	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2839-6.6536	0.2194	164	0.1778	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6536-44.6354	0.1754	169	0.1556	3274	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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