PDB-5yu3: Structural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yu3

タイトル

Structural basis for recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase

要素

Lysine cyclodeaminase

キーワード

LYASE / L-lysine cyclodeaminase / Streptomyces pristinaespiralis

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine cyclodeaminase activity / ornithine cyclodeaminase / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Min, K.J. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.

引用

ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Recognition of L-lysine, L-ornithine, and L-2,4-diamino Butyric Acid by Lysine Cyclodeaminase.
著者: Min, K. / Yoon, H.J. / Matsuura, A. / Kim, Y.H. / Lee, H.H.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yu3.cif.gz	299.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yu3.ent.gz	241.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yu3_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yu3_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5yu3_validation.xml.gz	66.7 KB	表示
CIF形式データ	5yu3_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yu0C 5yu1C 5yu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yu4-1 5yu0-2 5yu1-2 1x7d-d 5d8w-d 2ah2-d 1l2g-2 5yu0-1 5yu1-1 1kfj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine cyclodeaminase

B: Lysine cyclodeaminase

C: Lysine cyclodeaminase

D: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine cyclodeaminase

B: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lysine cyclodeaminase

D: Lysine cyclodeaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	271.529, 64.783, 106.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-679- HOH
2	1	B-794- HOH

#1: タンパク質	Lysine cyclodeaminase 分子量: 36587.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア) 遺伝子: pipA, SPRI_0308, SPRI_7045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9UBW0, ornithine cyclodeaminase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM CAPSO buffer (pH 9.6), 0.2M Li2SO4, 0.9M Na-K tartrate, 2% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 169178 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 42.2
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.79→37.251 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	8337	4.93 %
R_work	0.1658	-	-
obs	0.1672	169118	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→37.251 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10292	0	212	1385	11889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	14636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.584	6392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8104	0.2747	247	0.2359	4794	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8104-1.8317	0.2586	266	0.22	5305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8317-1.854	0.2489	246	0.2059	5367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.854-1.8775	0.236	284	0.2019	5340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8775-1.9022	0.255	280	0.2006	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9022-1.9282	0.24	271	0.1957	5330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9282-1.9558	0.2302	263	0.1834	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9558-1.985	0.23	270	0.1792	5345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.985-2.016	0.2081	286	0.1758	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.016-2.049	0.2165	263	0.1795	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.0844	0.2195	286	0.1854	5328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0844-2.1223	0.2172	270	0.1794	5322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1223-2.1631	0.2121	294	0.1746	5356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1631-2.2072	0.2199	278	0.1679	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2072-2.2552	0.2116	284	0.1706	5355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2552-2.3077	0.2135	273	0.165	5384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3077-2.3654	0.2006	272	0.1647	5366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3654-2.4293	0.2197	275	0.1706	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4293-2.5008	0.1851	291	0.1664	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5008-2.5815	0.2128	284	0.1716	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5815-2.6737	0.2092	288	0.1699	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-2.7807	0.1936	264	0.1711	5363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7807-2.9072	0.2003	284	0.1713	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9072-3.0604	0.1677	274	0.1686	5388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0604-3.2521	0.2019	289	0.1612	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2521-3.503	0.1697	287	0.1623	5387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.503-3.8552	0.1594	308	0.1411	5398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8552-4.4123	0.1514	278	0.1365	5447	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4123-5.5561	0.1573	276	0.1436	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5561-37.2594	0.1925	306	0.1709	5574	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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