PDB-5ytp: Crystal Structure of TTHA0139 L34A from Thermus thermophilus HB8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ytp

タイトル

Crystal Structure of TTHA0139 L34A from Thermus thermophilus HB8

要素

TTHA0139

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RHH superfamily / DNA binding / protein phosphorylation

機能・相同性

Transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.457 Å

データ登録者

Takao, K. / Inoue, M. / Fukui, K. / Yano, T. / Masui, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of TTHA0139 L34A from Thermus thermophilus HB8
著者: Takao, K. / Inoue, M. / Fukui, K. / Yano, T. / Masui, R.

履歴

登録	2017年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ytp.cif.gz	64.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ytp.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ytp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ytp_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ytp_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	5ytp_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	5ytp_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5ytp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5ytp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ytqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fz5-2 1wdv-2 3drn-1 6hvl-2 4wf0-2 5by1-d 2g2c-d 2jzs-d 2mr5-d 2w3l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TTHA0139

B: TTHA0139

17.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.531, 65.531, 74.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	TTHA0139 分子量: 8661.925 Da / 分子数: 2 / 変異: L34A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0139 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q5SM04
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TTHA0139

分子量: 8661.925 Da / 分子数: 2 / 変異: L34A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0139 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q5SM04

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 11.4mg/mL protein, 3.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 4% 2,5 Hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 6292 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 48.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 1.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 308 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.355 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YTQ

5ytq

解像度: 2.457→32.765 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2708	298	4.78 %
R_work	0.2568	-	-
obs	0.2575	6240	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.457→32.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1020	0	0	14	1034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	33.119	394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	178

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4573-3.0955	0.3912	150	0.3433	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0955-32.7684	0.2452	148	0.2385	3029	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8684	4.6367	-4.4896	4.4292	-4.8915	5.6123	-0.5095	-0.902	-0.5125	-1.9083	-0.9496	1.2572	3.1028	0.881	1.3442	1.7766	0.142	-0.2349	0.9084	-0.226	1.0671	-0.892	-26.3899	-14.3708
2	5.7688	-0.2546	0.7208	5.152	-3.4889	2.8361	0.1756	0.9437	0.2782	-0.8063	0.2398	-0.6034	0.1878	-0.0706	-0.4847	0.8516	0.0397	0.0929	0.6049	-0.0074	0.5941	9.5255	-14.9954	-7.8492
3	7.9153	-0.2894	6.7185	7.3835	-3.2314	7.667	0.1338	-1.0997	0.7311	0.5868	0.1284	0.7604	0.2925	-1.8439	-0.3034	0.6809	-0.0579	0.0644	0.7851	-0.0796	0.5609	-4.982	-12.6196	-8.3895
4	9.2166	5.6977	-0.1322	5.741	-2.4918	2.8193	-1.1764	0.7723	0.7524	-0.3964	0.8897	-0.1345	-0.3235	0.1674	0.6065	0.5814	-0.0109	0.0226	0.89	0.003	0.7893	-5.0309	-9.1184	-23.6361
5	7.7252	5.1458	1.8197	7.6327	-1.8263	7.4451	0.2299	-0.353	0.0105	0.4728	-0.1878	0.2728	0.7676	-0.5003	-0.0187	0.5522	0.0027	0.02	0.5351	-0.0861	0.5223	-6.3511	-17.1587	-15.2247
6	4.8884	-4.6712	1.3266	5.3043	-4.2247	7.0725	-1.5595	-0.3894	0.4297	1.9189	1.4104	-1.0342	-1.4104	-1.142	0.4346	0.9913	0.1451	-0.1805	0.7619	-0.194	0.8562	-0.7015	-8.961	-0.8258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 71 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 71 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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