PDB-5ysq: Sulfate-complex structure of a pyrophosphate-dependent kinase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ysq

タイトル

Sulfate-complex structure of a pyrophosphate-dependent kinase in the ribokinase family provides insight into the donor-binding mode

要素

TM0415

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

PPi-dependent kinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Nagata, R. / Fujihashi, M. / Miki, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification of a pyrophosphate-dependent kinase and its donor selectivity determinants.
著者: Nagata, R. / Fujihashi, M. / Sato, T. / Atomi, H. / Miki, K.

履歴

登録	2017年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ysq.cif.gz	237.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ysq.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ysq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ysq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ysq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5ysq_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	5ysq_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yspC 1vk4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i2e-1 4ch8-2 6fj4-d 5ogo-d 6qe5-1 2dhe-d 5doh-1 4jei-d 6szq-3 2ci3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TM0415

B: TM0415

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TM0415

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TM0415

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.745, 62.354, 87.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TM0415 分子量: 32104.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0415 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9WYP6
#2: 化合物	ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 79847 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000	715	データスケーリング
MOLREP	11.2.08	位相決定
Coot	0.7	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VK4

1vk4

解像度: 1.47→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.043 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20448	4017	5 %	RANDOM
R_work	0.19243	-	-	-
obs	0.19305	75813	95.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0 Å²	-0.63 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.47→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4269	0	44	258	4571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.961	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	9898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.414	5	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.921	22.834	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.867	15	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.764	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.399	0.743	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.399	0.743	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.671	1.112	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.671	1.113	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.557	0.806	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.556	0.804	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.854	1.184	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.531	9.133	5117
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.499	8.973	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	254	-
R_work	0.248	5466	-
obs	-	-	92.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1365	-0.326	0.6536	1.4748	-0.6595	2.9897	0.0082	0.1174	-0.0047	-0.1122	-0.0574	-0.3617	0.1239	0.1585	0.0492	0.0121	0.0063	0.0318	0.0164	0.0104	0.1447	16.1787	-4.4245	30.4359
2	1.9967	1.1089	0.0663	6.782	-0.8222	2.3683	-0.0945	0.1113	-0.0777	-0.0614	0.0828	-0.1787	0.0185	-0.126	0.0117	0.0145	0.0109	-0.0091	0.0442	-0.0289	0.066	11.1388	-1.0031	38.6569
3	0.8748	-0.2017	0.2545	1.5119	0.1654	1.0493	-0.0137	-0.02	0.031	-0.0968	-0.0602	0.0812	-0.0205	-0.1612	0.0739	0.015	0.0115	0.0153	0.0557	-0.0107	0.0799	-0.6107	0.0801	27.0757
4	1.2181	-0.2003	0.2588	1.7848	-0.266	1.5223	-0.0218	0.0516	0.0179	-0.1487	0.0159	-0.1548	-0.0502	0.0541	0.0059	0.0938	0.0165	0.0199	0.0931	-0.0391	0.0758	-14.7499	-29.0509	2.7638
5	0.9185	-0.3663	0.1017	1.5286	0.1037	1.4374	-0.0291	-0.0882	-0.0517	0.1341	0.0498	0.1334	-0.0027	-0.107	-0.0207	0.0823	0.0265	0.0283	0.0874	-0.0091	0.0958	-24.8961	-27.9906	15.9042
6	5.999	2.0154	0.1329	4.883	0.0528	3.0005	0.075	-0.3365	0.0198	0.2486	-0.1182	0.2706	0.0272	-0.1678	0.0431	0.1305	0.0371	-0.0045	0.128	-0.0005	0.07	-17.4575	-27.7539	26.4845
7	1.4295	0.6298	-0.6593	1.4808	-0.003	1.2454	-0.0448	-0.1122	-0.1198	0.1314	0.0397	-0.0167	-0.0926	0.035	0.0051	0.1024	0.0199	-0.0322	0.1086	0.0019	0.1025	-7.841	-31.1125	21.868
8	4.2095	-2.4149	0.0994	6.0696	-0.344	3.5612	0.1459	0.085	-0.3274	-0.0941	-0.1171	-0.555	0.1215	0.5914	-0.0287	0.1398	-0.0225	0.0022	0.1379	-0.0243	0.1806	0.0414	-29.7793	9.8226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	301
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	302
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	303
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	89 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	301
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	302
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	303
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	193 - 209
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	210 - 264
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	265 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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