[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5ysg: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly Variant, Reduced... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ysg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly Variant, Reduced Form. | ||||||
Components | Pseudoazurin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRNASPORT | ||||||
Function / homology | Function and homology information electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / periplasmic space / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Achromobacter cycloclastes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Kohei, A. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly Variant, Reduced Form. Authors: Kohei, A. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ysg.cif.gz | 113.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5ysg.ent.gz | 87.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ysg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ysg_validation.pdf.gz | 465.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ysg_full_validation.pdf.gz | 469.1 KB | Display | |
Data in XML | 5ysg_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ysg_validation.cif.gz | 36.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1bqkS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 12958.796 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: M16G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Achromobacter cycloclastes (bacteria) / Gene: bcp / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P19567 #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.24 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 30 % PEG1000, 0.1 M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS VII / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 6, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→30.002 Å / Num. obs: 43773 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 12.2 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | R rigid body: 0.599
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1BQK Resolution: 2→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.345 / SU ML: 0.093 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.023 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2→29.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|