PDB-8wqz: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wqz

タイトル

X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly variant

要素

Pseudoazurin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Cu binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Achromobacter cycloclastes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Sugai, A. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly variant
著者: Sugai, A. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.

履歴

登録	2023年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年10月16日	ID: 5WV4
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wqz.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wqz.ent.gz	50.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wqz_validation.pdf.gz	950.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wqz_full_validation.pdf.gz	951.2 KB	表示
XML形式データ	8wqz_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8wqz_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudoazurin

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, monomer state of WT was confirmed by ESI-MS and small angle neutron scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.181, 53.014, 59.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudoazurin / Blue copper protein 分子量: 12958.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 遺伝子: bcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19567
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 42 %(w/v) PEG200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→39.47 Å / Num. obs: 31352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 21.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
6.57-39.47	4.2	0.056	29.3	236	0.983	0.041	0.07	97.9
1.2-1.22	6.3	0.305	8.1	1499	0.959	0.192	0.362

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→39.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.006 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1526	1567	5.007 %
R_work	0.1311	29729	-
all	0.132	-	-
obs	-	31296	99.758 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.822 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.201 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	909	0	15	159	1083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.986	1.835	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.616	1.769	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.721	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.205	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.22	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.186	10	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.151	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.396	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.286	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.792	0.952	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.784	0.952	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.652	1.719	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.652	1.719	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.088	1.184	484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.084	1.186	485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.297	2.037	701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.292	2.039	702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.995	17.319	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.917	14.625	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.865	3	2012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.217	113	0.197	2152	X-RAY DIFFRACTION	99.9118
1.231-1.265	0.214	113	0.167	2095	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
1.265-1.301	0.166	110	0.124	2056	X-RAY DIFFRACTION	99.8157
1.301-1.341	0.17	106	0.113	1982	X-RAY DIFFRACTION	99.9521
1.341-1.385	0.135	97	0.104	1944	X-RAY DIFFRACTION	99.8044
1.385-1.434	0.132	113	0.095	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.488	0.14	99	0.091	1828	X-RAY DIFFRACTION	99.9481
1.488-1.549	0.142	93	0.096	1750	X-RAY DIFFRACTION	99.9458
1.549-1.617	0.146	79	0.098	1669	X-RAY DIFFRACTION	99.8287
1.617-1.696	0.145	80	0.103	1614	X-RAY DIFFRACTION	99.8232
1.696-1.788	0.134	84	0.102	1531	X-RAY DIFFRACTION	99.7529
1.788-1.896	0.126	78	0.104	1459	X-RAY DIFFRACTION	99.2253
1.896-2.027	0.131	75	0.102	1371	X-RAY DIFFRACTION	99.9309
2.027-2.189	0.139	69	0.11	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.397	0.148	59	0.112	1197	X-RAY DIFFRACTION	99.7617
2.397-2.678	0.135	53	0.12	1082	X-RAY DIFFRACTION	99.8241
2.678-3.09	0.135	48	0.137	961	X-RAY DIFFRACTION	99.5069
3.09-3.779	0.174	52	0.147	821	X-RAY DIFFRACTION	99.6575
3.779-5.32	0.172	29	0.199	665	X-RAY DIFFRACTION	99.1429
5.32-39.47	0.268	17	0.343	391	X-RAY DIFFRACTION	97.6077

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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