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万見
- PDB-5ys3: 1.8 angstrom crystal structure of Succinate-Acetate Permease from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ys3
タイトル1.8 angstrom crystal structure of Succinate-Acetate Permease from Citrobacter koseri
要素Succinate-Acetate Permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / organic anion channel / rectifying / unidirectional / dehydration
機能・相同性Acetate transporter GPR1/FUN34/SatP family / GPR1/FUN34/yaaH family / GPR1/FUN34/yaaH family signature. / membrane / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / ACETATE ION / PALMITIC ACID / Acetate uptake transporter
機能・相同性情報
生物種Citrobacter koseri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.823 Å
データ登録者Qiu, B. / Liao, J.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2017YFA0504800 中国
National Science and Technology Major Project2017ZX09101005-003-003 中国
National Key Scientific Instrument and Equipment Development Program2012YQ03026010 中国
Joint Fund of the National Natural Science Foundation of China and the Israel Science Foundation Research Program8146114802 中国
China Post-Doctoral Science Foundation2016M600344 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: Succinate-acetate permease from Citrobacter koseri is an anion channel that unidirectionally translocates acetate
著者: Qiu, B. / Xia, B. / Zhou, Q. / Lu, Y. / He, M. / Hasegawa, K. / Ma, Z. / Zhang, F. / Gu, L. / Mao, Q. / Wang, F. / Zhao, S. / Gao, Z. / Liao, J.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate-Acetate Permease
B: Succinate-Acetate Permease
C: Succinate-Acetate Permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24838
ポリマ－61,4203
非ポリマー5,82835
水3,135174
1
A: Succinate-Acetate Permease
B: Succinate-Acetate Permease
C: Succinate-Acetate Permease
ヘテロ分子

A: Succinate-Acetate Permease
B: Succinate-Acetate Permease
C: Succinate-Acetate Permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,49676
ポリマ－122,8396
非ポリマー11,65770
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area36320 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area35700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.456, 79.456, 89.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質 Succinate-Acetate Permease


分子量: 20473.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア)
株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 遺伝子: CKO_03375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8ALU5
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 400, CaAc2, NaCl / PH範囲: 4.0-6.5 / Temp details: PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 51162 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000v1.0データ削減
XDSv1.0データ削減
HKL-2000v1.0データスケーリング
SHELXDv1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.823→39.728 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 2303 4.75 %
Rwork0.1601 --
obs0.1619 48460 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.823→39.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 259 174 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1296039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1291532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8231-1.86280.341310.29592764X-RAY DIFFRACTION94
1.8628-1.90610.27961520.24232867X-RAY DIFFRACTION99
1.9061-1.95380.25791330.21142871X-RAY DIFFRACTION99
1.9538-2.00660.26971540.2042895X-RAY DIFFRACTION98
2.0066-2.06560.25011350.19412886X-RAY DIFFRACTION98
2.0656-2.13230.24011560.17482831X-RAY DIFFRACTION97
2.1323-2.20850.2111460.16512803X-RAY DIFFRACTION96
2.2085-2.29690.22161370.1592903X-RAY DIFFRACTION100
2.2969-2.40150.21351350.14692959X-RAY DIFFRACTION100
2.4015-2.5280.20991320.14252896X-RAY DIFFRACTION99
2.528-2.68640.1671340.13632886X-RAY DIFFRACTION98
2.6864-2.89380.1781610.13322835X-RAY DIFFRACTION97
2.8938-3.18490.20831680.14762949X-RAY DIFFRACTION100
3.1849-3.64540.17821210.14252937X-RAY DIFFRACTION100
3.6454-4.59180.15261430.14482917X-RAY DIFFRACTION98
4.5918-39.73740.18621650.16832958X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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