PDB-5yrc: Crystal Structure of Oxidized Cypovirus Polyhedra R13A/E73C/Y83C ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yrc

タイトル

Crystal Structure of Oxidized Cypovirus Polyhedra R13A/E73C/Y83C Mutant

要素

Polyhedrin

キーワード

VIRAL PROTEIN / In vivo protein crystal / polyhedra / disulfide bond

機能・相同性

Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / Polyhedrin

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: Supramolecular protein cages constructed from a crystalline protein matrix
著者: Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T.

履歴

登録	2017年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yrc.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yrc.ent.gz	48.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yrc_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yrc_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	5yrc_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	5yrc_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yr1C 5yr9C 5yraC 5yrbC 5yrdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yra-1 5yrd-1 5axv-1 5gqi-1 5axu-1 5gqn-1 5gqk-1 5gqm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.680, 103.680, 103.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-527- HOH

#1: タンパク質	Polyhedrin / C-polyhedrin 分子量: 28320.355 Da / 分子数: 1 / 変異: R13A,E73C,Y83C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P11041
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.99 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In vivo crystallization in the cytoplasm of the cell, temperature 300 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→36.66 Å / Num. obs: 19524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 60.5 % / Net I/σ(I): 11.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→36.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18572	2134	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1427	-	-	-
obs	0.14683	19524	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.67→36.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1971	0	20	127	2118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.926	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.087	3	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.552	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.92	23.717	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.516	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.151	1.032	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.148	1.031	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.754	1.54	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.754	1.541	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.245	1.328	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.245	1.328	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.413	1.881	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.001	9.173	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.909	9.079	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	153	-
R_work	0.331	1434	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)