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- PDB-5yqz: Structure of the glucagon receptor in complex with a glucagon analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yqz
タイトルStructure of the glucagon receptor in complex with a glucagon analogue
要素
  • Glucagon analogue
  • Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN/HYDROLASE / Human GCGR receptor / Class B / 7TM domain / membrane / LCP / XFEL / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...glucagon receptor binding / regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / generation of precursor metabolites and energy / hormone-mediated signaling pathway / response to nutrient / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of gluconeogenesis / protein kinase A signaling / cellular response to starvation / peptidoglycan catabolic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / response to activity / gluconeogenesis / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell wall macromolecule catabolic process / glucose homeostasis / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / host cell cytoplasm / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain ...GPCR, family 2, glucagon receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Endolysin / Pro-glucagon / Glucagon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, L. / VAN EPS, N. / Frederiksen, K. / Yang, D. / Dai, A. / Cai, X. / Zhang, H. / Yi, C. ...Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, L. / VAN EPS, N. / Frederiksen, K. / Yang, D. / Dai, A. / Cai, X. / Zhang, H. / Yi, C. / Can, C. / He, L. / Yang, H. / Lau, J. / Ernst, O. / Hanson, M. / Stevens, R. / Wang, M. / Seedtz-Runge, S. / Jiang, H. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31422017 中国
National Science Foundation (China)81525024 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the glucagon receptor in complex with a glucagon analogue.
著者: Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, L. / Van Eps, N. / Frederiksen, K.S. / Yang, D. / Dai, A. / Cai, X. / Zhang, H. / Yi, C. / Cao, C. / He, L. / Yang, H. / Lau, J. / Ernst, O.P. / Hanson, M.A. / ...著者: Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, L. / Van Eps, N. / Frederiksen, K.S. / Yang, D. / Dai, A. / Cai, X. / Zhang, H. / Yi, C. / Cao, C. / He, L. / Yang, H. / Lau, J. / Ernst, O.P. / Hanson, M.A. / Stevens, R.C. / Wang, M.W. / Reedtz-Runge, S. / Jiang, H. / Zhao, Q. / Wu, B.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
P: Glucagon analogue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,22811
ポリマ－69,1452
非ポリマー3,0839
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.120, 108.790, 216.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor / GL-R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 65799.062 Da / 分子数: 1 / 変異: R173A,C1053A, C1096Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GCGR, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P47871, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Glucagon analogue


分子量: 3345.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01275*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 70-120 mM potassium phosphate dibasic, 27-33% (v/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 28879 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 112.9 Å2 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XEZ, 4LF3, 2RH1

5xez

4lf3

2rh1


解像度: 3→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.541 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.524 / SU Rfree Blow DPI: 0.327 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.335
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1376 5.09 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 27017 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 129.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0179 Å20 Å20 Å2
2---13.234 Å20 Å2
3---12.2161 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 146 0 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094826HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.056552HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1631SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes711HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4826HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion622SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5530SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 -5.06 %
Rwork0.222 1465 -
all0.222 1543 -
obs--51.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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