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- PDB-5yqh: The crystal structure of CYP199A4 binding with 4-n-Propyl benzoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yqh
タイトルThe crystal structure of CYP199A4 binding with 4-n-Propyl benzoic acid
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / metabolites biosynthesis / catabolism Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methoxybenzamide / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, W. / Zhang, T. / Qiao, R. / Bell, S. / Coleman, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of CYP199A4 binding with 4-n-Propyl benzoic acid
著者: Coleman, T. / Zhang, T. / Qiao, R. / Zhou, W. / Beii, S.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,15641
ポリマ－178,3504
非ポリマー5,80737
水9,782543
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,36113
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,77412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26112
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,67411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8639
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,2758
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6717
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,0836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.928, 143.242, 171.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome P450 / CYP199A4


分子量: 44587.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2) (光合成細菌)
株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2IU02

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非ポリマー , 6種, 580分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-8ZX / 4-methoxybenzamide


分子量: 151.163 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.25M NaCl, 1.5M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 116374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11502 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.2_432精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNZ

4dnz


解像度: 2.3→43.53 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 5447 5.03 %
Rwork0.1963 --
obs0.1984 108240 92.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 40.475 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0199 Å2-0 Å20 Å2
2---16.7916 Å2-0 Å2
3---22.8115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12084 0 376 543 13003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1217416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2814657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2998-2.32590.35961370.27182793X-RAY DIFFRACTION77
2.3259-2.35330.30191540.25623099X-RAY DIFFRACTION83
2.3533-2.3820.30361370.25162993X-RAY DIFFRACTION82
2.382-2.41210.28841570.25133063X-RAY DIFFRACTION84
2.4121-2.44390.31191620.24973095X-RAY DIFFRACTION85
2.4439-2.47730.3141860.243144X-RAY DIFFRACTION86
2.4773-2.51270.2981560.23013243X-RAY DIFFRACTION88
2.5127-2.55020.26991630.23493186X-RAY DIFFRACTION88
2.5502-2.59010.30391820.23523292X-RAY DIFFRACTION90
2.5901-2.63250.31791720.22343273X-RAY DIFFRACTION90
2.6325-2.67790.31672010.22063285X-RAY DIFFRACTION91
2.6779-2.72660.26422090.22053360X-RAY DIFFRACTION92
2.7266-2.77910.25261770.22563381X-RAY DIFFRACTION92
2.7791-2.83580.30421820.20623400X-RAY DIFFRACTION94
2.8358-2.89740.26131720.2043450X-RAY DIFFRACTION94
2.8974-2.96480.28491910.20483501X-RAY DIFFRACTION95
2.9648-3.03890.26461850.20593499X-RAY DIFFRACTION96
3.0389-3.12110.23921800.19593564X-RAY DIFFRACTION96
3.1211-3.21290.2471820.19533564X-RAY DIFFRACTION97
3.2129-3.31660.25221840.19233584X-RAY DIFFRACTION97
3.3166-3.4350.20281860.19353586X-RAY DIFFRACTION97
3.435-3.57250.26642100.19063615X-RAY DIFFRACTION98
3.5725-3.7350.20432030.17933647X-RAY DIFFRACTION99
3.735-3.93180.2021980.17013673X-RAY DIFFRACTION99
3.9318-4.1780.2072030.16923631X-RAY DIFFRACTION99
4.178-4.50030.21031770.17073732X-RAY DIFFRACTION99
4.5003-4.95260.21392220.16753696X-RAY DIFFRACTION99
4.9526-5.66790.211790.19623737X-RAY DIFFRACTION99
5.6679-7.13580.24291850.21153817X-RAY DIFFRACTION100
7.1358-43.53730.16812150.18133890X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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