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- PDB-5yqg: The structure of 14-3-3 and pNumb peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yqg
タイトルThe structure of 14-3-3 and pNumb peptide
要素
  • 14-3-3 protein eta
  • Peptide from Protein numb homolog
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex / Phosphorylation / non-canonical
機能・相同性
機能・相同性情報


neuroblast division in subventricular zone / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / glucocorticoid catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of postsynapse assembly / lateral ventricle development / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of dendrite morphogenesis ...neuroblast division in subventricular zone / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / glucocorticoid catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of postsynapse assembly / lateral ventricle development / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of dendrite morphogenesis / Hedgehog 'on' state / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / Recycling pathway of L1 / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / nuclear glucocorticoid receptor binding / alpha-catenin binding / membrane depolarization during action potential / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / adherens junction organization / positive regulation of dendrite morphogenesis / clathrin-coated vesicle / positive regulation of neurogenesis / regulation of neuron differentiation / regulation of mitotic nuclear division / intercalated disc / neuroblast proliferation / sodium channel regulator activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of sodium ion transport / clathrin-coated pit / forebrain development / cytoskeleton organization / axonogenesis / intracellular protein transport / beta-catenin binding / apical part of cell / nervous system development / actin binding / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / dendritic spine / early endosome / postsynaptic density / endosome membrane / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / synapse / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NUMB domain / Numb/numb-like / NUMB domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. ...NUMB domain / Numb/numb-like / NUMB domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein eta / Protein numb homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, X. / Liu, Z. / Wen, W.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China2014CB910201 中国
the National Natural Science Foundation of China31422015, 31670730, 31270778 中国
the Shanghai Municipal Education Commission14SG06 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural determinants controlling 14-3-3 recruitment to the endocytic adaptor Numb and dissociation of the Numb/alpha-adaptin complex.
著者: Chen, X. / Liu, Z. / Shan, Z. / Yao, W. / Gu, A. / Wen, W.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein eta
B: 14-3-3 protein eta
C: 14-3-3 protein eta
D: 14-3-3 protein eta
E: Peptide from Protein numb homolog
F: Peptide from Protein numb homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7686
ポリマ－122,7686
非ポリマー00
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area45140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.260, 74.626, 134.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein eta


分子量: 28820.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ywhah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68510
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Protein numb homolog / pNumb peptide


分子量: 3743.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Numb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QZS3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: tri-Sodium Citrate dihydrate, isopropanol, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 66596 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HKC

4hkc


解像度: 2.1→49.883 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 3327 5 %
Rwork0.1838 --
obs0.1858 66571 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7339 0 0 484 7823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80310108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2384571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0998-2.12980.29661140.23041991X-RAY DIFFRACTION73
2.1298-2.16160.27741420.2292299X-RAY DIFFRACTION86
2.1616-2.19540.28481220.22262483X-RAY DIFFRACTION92
2.1954-2.23140.29391160.20992531X-RAY DIFFRACTION94
2.2314-2.26990.29311160.20292622X-RAY DIFFRACTION96
2.2699-2.31110.24931330.20152640X-RAY DIFFRACTION99
2.3111-2.35560.25151570.19382670X-RAY DIFFRACTION100
2.3556-2.40370.23791440.18642698X-RAY DIFFRACTION100
2.4037-2.45590.24921440.18472714X-RAY DIFFRACTION100
2.4559-2.51310.2411280.19282671X-RAY DIFFRACTION100
2.5131-2.57590.25911610.19062738X-RAY DIFFRACTION100
2.5759-2.64550.21211380.18722667X-RAY DIFFRACTION100
2.6455-2.72340.23391170.18322727X-RAY DIFFRACTION100
2.7234-2.81130.2691330.18672705X-RAY DIFFRACTION100
2.8113-2.91180.22791260.19972710X-RAY DIFFRACTION100
2.9118-3.02830.21681350.19662713X-RAY DIFFRACTION100
3.0283-3.16610.23661420.20052710X-RAY DIFFRACTION100
3.1661-3.3330.22231490.18632699X-RAY DIFFRACTION100
3.333-3.54180.24441500.1782704X-RAY DIFFRACTION100
3.5418-3.81520.19041640.16332686X-RAY DIFFRACTION99
3.8152-4.19890.2071290.15252738X-RAY DIFFRACTION100
4.1989-4.80610.17631620.1492673X-RAY DIFFRACTION99
4.8061-6.05350.25151350.18952761X-RAY DIFFRACTION100
6.0535-49.8970.17171700.18782694X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3894-0.8080.37965.53224.19727.7665-0.0780.00330.00080.2505-0.06810.1289-0.0823-0.3060.13380.1275-0.01730.00590.13470.03140.1334-23.6606-6.0385-32.0201
26.0654-1.9075-3.66022.48871.8427.0631-0.0797-0.0201-0.53780.2007-0.06650.07050.23340.31420.19730.13710.0044-0.04470.15710.00190.1698-10.9133-11.8511-32.6907
34.04870.8239-2.95471.1957-1.65683.2995-0.1493-0.03640.1407-0.16910.1602-0.363-0.39961.1108-0.12260.2087-0.11270.00490.4673-0.05030.26090.4866-5.8412-40.0923
41.2342-0.7376-0.09463.8651-0.04743.1242-0.0949-0.2016-0.16570.54330.1461-0.08070.30960.3244-0.02740.28110.0632-0.07060.31180.00490.2221-3.5569-19.6516-20.3396
57.12320.1508-3.93491.8646-1.01725.4637-0.05640.23480.3206-0.1424-0.0025-0.5023-0.38961.36330.12210.263-0.11760.04670.573-0.04940.3161-0.5169-7.1868-58.2791
62.8829-0.7717-0.53212.2587-1.0238.7271-0.00410.01050.0974-0.06160.0635-0.3091-0.78920.6545-0.0690.2007-0.09450.02780.1894-0.06090.2251-8.4242-5.15-59.4649
78.22751.5962-6.64022.2048-0.70977.7683-0.10930.0973-0.114-0.0515-0.09890.12930.2575-0.30230.21140.127-0.0151-0.04320.1175-0.03450.1626-23.062-12.0486-52.2104
83.18940.0075-3.5261.310.046.63530.1357-0.06190.2134-0.12780.00620.1427-0.219-0.2594-0.18240.17770.033-0.04120.1333-0.02270.1877-28.6609-4.012-48.8271
97.20450.06090.07394.12781.63298.0617-0.18221.217-0.0337-0.8161-0.0457-0.3718-0.49290.85850.18070.52490.03370.13150.34340.02980.3178-14.0534-4.3137-76.3749
106.31210.8301-3.8452.8341-0.34886.8802-0.21150.2931-0.1638-0.3238-0.0558-0.16930.1012-0.14770.23560.18670.013-0.00760.0985-0.02110.171-23.3566-10.428-65.8941
117.5714-4.6135-6.45277.86445.53386.84720.28240.8518-0.0607-0.8241-0.52760.3895-0.5874-0.84580.21210.27770.0587-0.08620.2475-0.04280.209-30.1285-10.6628-70.7894
123.1553-1.3962-0.84984.69891.01284.0960.03640.2104-0.497-0.2461-0.1769-0.03920.0639-0.34220.13620.2096-0.0216-0.00480.176-0.1080.2279-26.7875-20.3816-68.4883
132.0018-1.3537-1.48922.63440.79024.0479-0.3280.7704-0.7277-0.4232-0.22920.15720.2416-0.15810.60050.3824-0.05850.02630.2521-0.10890.404-25.0136-29.7934-73.5136
145.2367-4.7894-4.34236.47482.82457.7887-0.2976-0.1552-1.02390.6930.1074-0.07590.47450.18140.23760.4311-0.0585-0.0420.1542-0.03230.3728-22.6225-30.4822-64.9807
157.0734-0.72893.71891.4595-1.31332.9217-0.0406-0.3617-0.13070.47640.0381-0.7550.20161.26160.11940.33870.1263-0.08910.6223-0.07560.34590.059611.9037-8.4185
163.8143-0.73972.43121.89340.19874.89220.01220.04240.02330.1682-0.0251-0.10640.07360.14880.02050.1540.00980.02280.0912-0.02490.1466-17.207414.2802-12.0173
173.13610.20013.45591.12880.15797.11190.1224-0.0099-0.21130.1090.02080.11670.1898-0.445-0.15960.1698-0.03570.04470.1439-0.0370.2118-28.68428.8642-18.248
186.4421-0.66973.42423.4132-0.02676.0929-0.0231-0.58520.18720.543-0.1423-0.30090.0867-0.20020.14040.2329-0.040.00340.1412-0.01580.2045-20.581713.46232.1051
194.37282.42044.09496.65624.05896.60720.1296-0.71950.25410.6104-0.38980.24080.2576-0.6730.25610.2691-0.0260.06310.1961-0.05110.1893-28.024317.67924.5533
203.28921.32850.93985.75441.53014.0725-0.0557-0.07870.5046-0.0669-0.0981-0.149-0.3354-0.0620.160.28080.04230.01370.164-0.0860.3053-25.371831.64261.0713
212.90920.7966-0.80285.79185.27758.1182-0.03450.04010.1559-0.3521-0.07770.1695-0.1298-0.24710.08070.12210.0289-0.00630.13210.02890.1427-23.491211.0191-35.0917
226.25292.47373.21283.25261.50445.53970.05560.11260.3063-0.1309-0.0353-0.0763-0.14290.65930.01580.13590.01350.06780.2302-0.02980.1622-9.123516.9016-32.9764
234.2087-0.1993.35851.1447-1.15954.62290.0570.0182-0.3510.14090.2359-0.3770.51011.1511-0.33740.20260.1218-0.00820.4238-0.06260.2632-0.38439.8879-27.8473
241.94660.81160.05183.8699-0.31242.8483-0.05690.24630.2147-0.52180.1099-0.1075-0.12680.4058-0.04870.2482-0.0230.07760.3316-0.01410.2032-3.688619.8637-46.9484
253.7302-0.52620.37826.42310.35826.0568-0.34030.32670.4358-0.59240.0279-0.092-0.96970.29320.15020.4741-0.11950.07830.2579-0.01250.3262-3.702836.5009-45.5447
263.7745-4.43344.41145.2315-5.13985.21770.06520.07090.05590.2173-0.4532-1.11410.2170.8460.04530.30540.0153-0.13290.32560.03480.5987-15.0114-23.8241-54.5018
277.40884.53111.69824.39843.26524.27420.08491.1998-0.6246-1.26990.07490.42591.14130.1097-0.2530.54760.1422-0.14130.4062-0.04550.3556-7.0817-25.0207-34.4306
288.02196.3591-6.95096.368-3.67358.56430.56380.29271.0825-0.393-0.6382-0.9209-0.94610.95020.06570.3176-0.04180.10170.28880.00360.6192-20.902526.5107-8.4508
292.6842-0.27581.02289.3477-8.7528.4124-0.9187-2.5351-1.61932.2932-0.5021-0.1940.25280.91611.37761.16850.06030.10.77580.17530.7089-7.574332.4573-21.2092
306.0302-3.7565-1.81123.5225-0.54827.90770.3556-1.37190.45011.4034-0.13251.1871-1.13170.0807-0.24590.4655-0.1440.15990.3859-0.06140.5006-6.097628.6559-34.9831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 106 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 234 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 38 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 39 through 72 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 73 through 106 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 107 through 116 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 117 through 139 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 140 through 164 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 165 through 189 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 190 through 212 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 213 through 236 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 0 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 17 through 72 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 73 through 106 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 107 through 139 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 140 through 169 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 170 through 236 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1 through 33 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 34 through 70 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 71 through 106 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 107 through 189 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 190 through 234 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 262 through 277 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 278 through 287 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 263 through 273 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 274 through 279 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 280 through 286 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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