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万見
- PDB-5ypd: Mycobacterium Tuberculosis Methionine aminopeptidase type 1c (C10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ypd
タイトルMycobacterium Tuberculosis Methionine aminopeptidase type 1c (C105N mutant) in complex with Methionine
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Methionine aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / transition metal ion binding / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHIONINE / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Sandeep, C.B. / Addlagatta, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Deparment of science and TechnologyEMR/2015/000461 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a new class of type 1 methionine aminopeptidases that have relaxed substrate specificity.
著者: Bala, S.C. / Haque, N. / Pillalamarri, V. / Reddi, R. / Kashyap, R. / Marapaka, A.K. / Addlagatta, A.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9638
ポリマ－34,4541
非ポリマー5107
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.226, 44.909, 57.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MetAP / Peptidase M


分子量: 34453.730 Da / 分子数: 1 / 変異: C105N, C284A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: mapB, map, MRA_2886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U6L5, methionyl aminopeptidase

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非ポリマー , 6種, 167分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes, 27% Peg 3350, 3% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→28.57 Å / Num. obs: 29506 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.034 / Net I/av σ(I): 11.69 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.62-1.680.251390.8960.20.2831.05183.2
1.68-1.750.14855050.9320.1480.2091.01788.7
1.75-1.820.11355310.9570.1130.161.07389.7
1.82-1.920.08855960.9660.0880.1241.05890.5
1.92-2.040.06756540.9820.0670.0951.00690.6
2.04-2.20.06156190.9820.0610.0861.00291.2
2.2-2.420.05356390.9860.0530.0751.02491.3
2.42-2.770.04557750.9920.0450.0631.00893
2.77-3.490.04258100.9910.0420.061.07293.7
3.49-300.03758520.9930.0370.0521.02794.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO2.3.1データ収集
SCALEPACK2.2.0データスケーリング
MOLREP11.4.03モデル構築
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZO2.3.1データ削減
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YJ3

1yj3


解像度: 1.62→28.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.438 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1818 1396 4.7 %RANDOM
Rwork0.1444 ---
obs0.1461 28109 92.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.63 Å2 / Biso mean: 26.91 Å2 / Biso min: 16.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→28.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 25 162 2341
Biso mean--40.78 34.08 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1061.9543121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08234967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2975299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.15823.91897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05815349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02502
LS精密化 シェル解像度: 1.621→1.663 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 95 -
Rwork0.235 1779 -
all-1874 -
obs--79.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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