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万見
- PDB-5yp4: Crystal structure of dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) with Lys-Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yp4
タイトルCrystal structure of dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) with Lys-Pro from Pseudoxanthomonas mexicana WO24
要素Dipeptidyl aminopeptidase 4
キーワードHYDROLASE / DAP IV / Clan SC S9 / peptidase / DPP4 / DPP8 / DPP9
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / periplasmic space / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / PROLINE / Dipeptidyl aminopeptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoxanthomonas mexicana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Roppongi, S. / Suzuki, Y. / Tateoka, C. / Fuimoto, M. / Morisawa, S. / Iizuka, I. / Nakamura, A. / Honma, N. / Shida, Y. / Ogasawara, W. ...Roppongi, S. / Suzuki, Y. / Tateoka, C. / Fuimoto, M. / Morisawa, S. / Iizuka, I. / Nakamura, A. / Honma, N. / Shida, Y. / Ogasawara, W. / Tanaka, N. / Sakamoto, Y. / Nonaka, T.
資金援助 日本, 10件
組織認可番号国
MEXT16K08322 日本
MEXT25462872 日本
MEXT16H04902 日本
MEXT17H03790 日本
Protein Institute, Osaka Univ.CR1405, CR1505, CR1605, CR1705 日本
Protein Institute, Osaka Univ.2013A6822, 2013B 6822, 2014A6924, 2014B6924, 2015A6521, 2015B6521, 2016A6620, 2016B6620, 2017A6721, 2017B6721 日本
KEK2011G090, 2013G138, 2017G162 日本
AMED 日本
Takeda Foundation 日本
Nagai Foundation 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a bacterial dipeptidyl peptidase IV reveal a novel substrate recognition mechanism distinct from that of mammalian orthologues.
著者: Roppongi, S. / Suzuki, Y. / Tateoka, C. / Fujimoto, M. / Morisawa, S. / Iizuka, I. / Nakamura, A. / Honma, N. / Shida, Y. / Ogasawara, W. / Tanaka, N. / Sakamoto, Y. / Nonaka, T.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl aminopeptidase 4
B: Dipeptidyl aminopeptidase 4
C: Dipeptidyl aminopeptidase 4
D: Dipeptidyl aminopeptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,48533
ポリマ－329,5024
非ポリマー2,98329
水51,8292877
1
A: Dipeptidyl aminopeptidase 4
B: Dipeptidyl aminopeptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,56520
ポリマ－164,7512
非ポリマー1,81418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area54390 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl aminopeptidase 4
D: Dipeptidyl aminopeptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,92013
ポリマ－164,7512
非ポリマー1,16911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area53170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.656, 104.487, 112.838
Angle α, β, γ (deg.)67.42, 68.83, 65.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dipeptidyl aminopeptidase 4 / Dipeptidyl aminopeptidase IV / DAP IV


分子量: 82375.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoxanthomonas mexicana (バクテリア)
株: WO24 / 遺伝子: dap4 / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q6F3I7, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Residue M12I is mutagenesis according to sequence database UniportKB Q6F3I7 (DAP4_PSEMX).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 20000, 80mM MES pH6.5, 20% Glycerol, 4mM Lys-Pro

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 245086 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 27199 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.425 / % possible all: 71.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia20.5.436データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YP1

5yp1


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.336 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 12222 5 %RANDOM
Rwork0.16391 ---
obs0.16635 232846 94.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å2-0.84 Å2-0.67 Å2
2---0.34 Å20.74 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22262 0 191 2877 25330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01922990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0221075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.95931227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.093348683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12552842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52823.0331065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.269153599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.18815198
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.23403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02125812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0112.04211404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0112.04211404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8463.04714231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8463.04714232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7262.34511586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7262.34511586
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1573.38816996
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.88824.81826233
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84324.67626049
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 641 -
Rwork0.215 11640 -
obs--63.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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