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- PDB-5yox: HD domain-containing protein YGK1(YGL101W) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yox
タイトルHD domain-containing protein YGK1(YGL101W)
要素HD domain-containing protein YGL101W
キーワードLYASE / HD domain / Zn / Saccharomyces cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / GMP 5'-nucleotidase activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HD domain / 5'-deoxynucleotidase YfbR/HDDC2 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-deoxynucleotidase YGK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Yang, J. / Wang, F. / Gao, Z. / Zhou, K. / Liu, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HD domain-containing protein YGK1(YGL101W)
著者: Yang, J. / Wang, F. / Zhou, K. / Gao, Z. / Liu, Q.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HD domain-containing protein YGL101W
B: HD domain-containing protein YGL101W
C: HD domain-containing protein YGL101W
D: HD domain-containing protein YGL101W
E: HD domain-containing protein YGL101W
F: HD domain-containing protein YGL101W
G: HD domain-containing protein YGL101W
H: HD domain-containing protein YGL101W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,43816
ポリマ－204,9158
非ポリマー5238
水2,828157
1
A: HD domain-containing protein YGL101W
G: HD domain-containing protein YGL101W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3604
ポリマ－51,2292
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
2
B: HD domain-containing protein YGL101W
C: HD domain-containing protein YGL101W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3604
ポリマ－51,2292
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
3
D: HD domain-containing protein YGL101W
H: HD domain-containing protein YGL101W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3604
ポリマ－51,2292
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
4
E: HD domain-containing protein YGL101W
F: HD domain-containing protein YGL101W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3604
ポリマ－51,2292
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.633, 142.178, 112.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HD domain-containing protein YGL101W


分子量: 25614.383 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YGL101W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53144
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 4.5 22%(w/v) PEG3350 1mM CdCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 49334 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→24.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 57.66 / 位相誤差: 28.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 2528 5.13 %
Rwork0.207 --
obs0.214 49323 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11754 0 8 157 11919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01512002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08216081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7754601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6092-2.65930.33721150.31362213X-RAY DIFFRACTION79
2.6593-2.71350.36791230.30552433X-RAY DIFFRACTION89
2.7135-2.77240.32791540.29972554X-RAY DIFFRACTION90
2.7724-2.83680.31661320.28782557X-RAY DIFFRACTION94
2.8368-2.90760.33581810.28362625X-RAY DIFFRACTION93
2.9076-2.98610.3361450.27722603X-RAY DIFFRACTION95
2.9861-3.07380.32241340.26682659X-RAY DIFFRACTION95
3.0738-3.17280.23971430.26532633X-RAY DIFFRACTION95
3.1728-3.28590.27471260.24232675X-RAY DIFFRACTION95
3.2859-3.41710.29571460.24052577X-RAY DIFFRACTION95
3.4171-3.57210.26051510.21692652X-RAY DIFFRACTION95
3.5721-3.75970.23931200.19812708X-RAY DIFFRACTION96
3.7597-3.99420.21731250.19132612X-RAY DIFFRACTION95
3.9942-4.30080.22641540.18662646X-RAY DIFFRACTION94
4.3008-4.73040.18631460.16342643X-RAY DIFFRACTION95
4.7304-5.40770.1981480.17032645X-RAY DIFFRACTION95
5.4077-6.78580.25711310.20992675X-RAY DIFFRACTION95
6.7858-23.49920.20231360.1742676X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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