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- PDB-5yoi: Mycobacterium Tuberculosis Methionine aminopeptidase type 1c (C10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yoi
タイトルMycobacterium Tuberculosis Methionine aminopeptidase type 1c (C105T mutant) in complex with Methionine
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Methionine aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / transition metal ion binding / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHIONINE / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Sandeep, C.B. / Addlagatta, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Deparment of science and TechnologyEMR/2015/000461 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterium Tuberculosis Methionine aminopeptidase type 1c (C105T mutant) in complex with Methionine
著者: Sandeep, C.B. / Addlagatta, A.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _refine_hist.d_res_low
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0078
ポリマ－34,4411
非ポリマー5667
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.236, 48.653, 56.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MetAP / Peptidase M


分子量: 34440.730 Da / 分子数: 1 / 変異: C105T, C284A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: mapB, map, MRA_2886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U6L5, methionyl aminopeptidase

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非ポリマー , 5種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes, 27% Peg3350, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→28.54 Å / Num. obs: 33147 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.037 / Net I/av σ(I): 14.77 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.63-1.691.80.23233230.920.20.3081.09794.3
1.69-1.761.80.1720.9470.1480.2281.04895.4
1.76-1.841.80.1350.9650.1170.1791.0596.2
1.84-1.931.80.1040.9780.090.1381.0297.1
1.93-2.051.80.0770.9850.0680.1031.00797.8
2.05-2.211.80.060.9880.0530.081.00798.5
2.21-2.431.90.0450.9920.0410.0611.05599.3
2.43-2.791.90.0320.9960.030.0441.04399.7
2.79-3.511.90.0250.9980.0220.0331.05599.7
3.51-301.90.0260.9970.0240.0361.00199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.379
最高解像度最低解像度
Rotation28.54 Å1.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZO2.3.1データ収集
SCALEPACK2.2.0データスケーリング
MOLREP11.4.03モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZO2.3.1データ削減
DENZO2.3.1data processing
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YJ3

1yj3


解像度: 1.63→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.706 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21164 1558 4.7 %RANDOM
Rwork0.16112 ---
obs0.16336 33132 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.968 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 30 201 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1031.9573155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10735001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0265303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42423.85496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8115355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1212.0641170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.122.0641169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8433.091472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8433.091473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.232.4141130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2282.4141130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6933.4971679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.69617.812825
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.64917.4772727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.628→1.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 100 -
Rwork0.283 2306 -
obs-3323 99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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