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- PDB-5yo9: Crystal structure of KAS III from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yo9
タイトルCrystal structure of KAS III from Acinetobacter baumannii
要素3-Oxoacyl-[acyl-carrier-(ACP)] synthase III C terminal family protein
キーワードTRANSFERASE / thiolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
Model detailsC155A mutant in complex with CoA
データ登録者Lee, W.C. / Jung, M. / Lee, J. / Kim, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaMSIP-2016R1A2B2008543 韓国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a novel KAS III from Acinetobacter baumannii
著者: Lee, W.C. / Jung, M. / Lee, J. / Kim, Y.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-(ACP)] synthase III C terminal family protein
B: 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-(ACP)] synthase III C terminal family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6186
ポリマ－81,5742
非ポリマー1,0444
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.135, 106.942, 109.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-(ACP)] synthase III C terminal family protein / KAS III / 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase / 3-oxoacyl-ACP synthase / 3-oxoacyl-[acyl- ...KAS III / 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase / 3-oxoacyl-ACP synthase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / KASIII / Beta-ketoacyl-ACP synthase III


分子量: 40786.852 Da / 分子数: 2 / 変異: C155A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: KAS III / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: V5VGF8, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 % / Mosaicity: 0.633 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2M calcium acetate, , 0.1M Tris pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 58779 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 2.099 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 232845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0740.61158490.5230.3510.7091.95997.9
2.07-2.1540.47258150.6950.270.5471.94698
2.15-2.2540.39858800.8210.2290.4621.97898.5
2.25-2.3740.31958670.9040.1830.371.9798.2
2.37-2.5240.22459000.9490.1280.261.96198.4
2.52-2.7140.15458950.9740.0870.1781.97898.5
2.71-2.9940.10158980.9890.0570.1172.10297.9
2.99-3.4240.06159230.9950.0340.072.24797.6
3.42-4.3140.04158550.9980.0220.0462.495.9
4.31-503.80.03658970.9970.020.0422.45892.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LED

3led


解像度: 2.002→27.49 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 2873 4.9 %
Rwork0.2115 --
obs0.2138 58643 97.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.02 Å2 / Biso mean: 38.4372 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→27.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5698 0 66 332 6096
Biso mean--40.05 36.18 -
残基数----737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8797908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0083500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.002-2.03480.35011260.33332600272696
2.0348-2.06980.34811410.32752623276498
2.0698-2.10750.36741300.31792668279898
2.1075-2.1480.34931290.30182667279698
2.148-2.19180.32181310.28092650278199
2.1918-2.23950.31091290.26952640276998
2.2395-2.29150.34781480.26832664281298
2.2915-2.34880.32031370.26312628276598
2.3488-2.41230.29361310.25582686281799
2.4123-2.48320.30491710.25222617278898
2.4832-2.56330.32471440.26012675281998
2.5633-2.65480.37421450.25352642278798
2.6548-2.76110.29711370.25062665280298
2.7611-2.88660.32211610.24392649281098
2.8866-3.03860.33091340.22692659279397
3.0386-3.22870.25321270.21482699282698
3.2287-3.47750.24821380.19482670280897
3.4775-3.82670.21171350.1752673280897
3.8267-4.37850.1831270.15652630275794
4.3785-5.50910.1791350.14562661279695
5.5091-27.49230.19431170.17082704282192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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