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- PDB-5yny: Structure of house dust mite allergen Der F 21 in PEG2KMME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yny
タイトルStructure of house dust mite allergen Der F 21 in PEG2KMME
要素Allergen Der f 21
キーワードALLERGEN / House dust mite (HDM)
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #970 / Mite allergen, group 5/21 / Mite allergen, group 5/21 superfamily / Mite allergen Blo t 5 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / protein homodimerization activity / Mainly Alpha / Mite allergen Der f 21.0101
機能・相同性情報
生物種Dermatophagoides farinae (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ng, C.L. / Chew, F.T. / Pang, S.L. / Ho, K.L. / Teh, A.H. / Waterman, J. / Rambo, R. / Mathavan, I.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Other governmentGUP-2014- 010 マレーシア
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structure and epitope analysis of house dust mite allergen Der f 21.
著者: Pang, S.L. / Ho, K.L. / Waterman, J. / Rambo, R.P. / Teh, A.H. / Mathavan, I. / Harris, G. / Beis, K. / Say, Y.H. / Anusha, M.S. / Sio, Y.Y. / Chew, F.T. / Ng, C.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Cloning, expression, purification, characterization, crystallization and X-ray crystallographic analysis of recombinant Der f 21 (rDer f 21) from Dermatophagoides farinae.
著者: Ng, C.L. / Chew, F.T. / Pang, S.L. / Ho, K.L. / Teh, A.H. / Waterman, J.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Allergen Der f 21
B: Allergen Der f 21
C: Allergen Der f 21
D: Allergen Der f 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7984
ポリマ－60,7984
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Allergen Der f 21
B: Allergen Der f 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3992
ポリマ－30,3992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
2
C: Allergen Der f 21
D: Allergen Der f 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3992
ポリマ－30,3992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.237, 50.934, 69.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALAA3 - 11512 - 124
21VALVALVALVALBB3 - 11512 - 124
12ARGARGVALVALAA5 - 11514 - 124
22ARGARGVALVALCC5 - 11514 - 124
13ARGARGALAALAAA5 - 11414 - 123
23ARGARGALAALADD5 - 11414 - 123
14ARGARGVALVALBB5 - 11514 - 124
24ARGARGVALVALCC5 - 11514 - 124
15ARGARGALAALABB5 - 11414 - 123
25ARGARGALAALADD5 - 11414 - 123
16ARGARGALAALACC5 - 11414 - 123
26ARGARGALAALADD5 - 11414 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Allergen Der f 21 / Der f 5.02 allergen


分子量: 15199.378 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2GM84
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris (pH 8.0) and 30% PEG MME 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.74 Å / Num. obs: 19287 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.023 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 6969 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.244 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→28.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 18.93 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.287
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2726 973 5 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2232 18302 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.05 Å2 / Biso mean: 68.436 Å2 / Biso min: 38.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9 Å20 Å2-0.07 Å2
2--4.01 Å20 Å2
3---1.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3544 0 0 58 3602
Biso mean---69.45 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9744867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.48538043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6355462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82725.031163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.98515708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1441521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02790
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A58530.19
12B58530.19
21A58190.18
22C58190.18
31A47180.2
32D47180.2
41B57310.17
42C57310.17
51B47380.19
52D47380.19
61C46920.18
62D46920.18
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 76 -
Rwork0.271 1333 -
all-1409 -
obs--97.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.43950.07580.33010.0588-0.12110.43930.18030.01530.04840.0123-0.08060.0277-0.0740.0604-0.09970.2002-0.0251-0.00870.19040.00560.0464-10.826811.158419.8909
24.8077-0.0811-0.02040.1373-0.14010.15950.121-0.0807-0.1428-0.0042-0.0810.0201-0.00790.0374-0.040.14350.00370.01130.21580.04680.0679-1.94610.222333.5364
37.36790.16530.63510.0154-0.00640.69450.07340.08640.19660.018-0.0321-0.0045-0.026-0.017-0.04130.20960.00050.01180.09410.02790.1018-30.9437-10.4555-0.0539
46.81480.3464-0.04850.2923-0.41130.64460.1557-0.418-0.37770.0772-0.1257-0.0002-0.16280.0924-0.030.2072-0.00960.00020.24370.02080.0224-21.037-16.54316.227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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