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- PDB-5ynw: Crystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynw
タイトルCrystal structure of an aromatic prenyltransferase FAMD1 from Fischerella ambigua UTEX 1903 in complex with DMASPP and INN
要素aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / metabolic process
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / AmbP3
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural insight into a novel indole prenyltransferase in hapalindole-type alkaloid biosynthesis.
著者: Wang, J. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Liu, W. / Ko, T.P. / Shang, N. / Hu, X. / Xie, Y. / Huang, J.W. / Zhang, Y. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8317
ポリマ－73,9782
非ポリマー8545
水9,692538
1
A: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3433
ポリマ－36,9891
非ポリマー3542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4884
ポリマ－36,9891
非ポリマー4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.583, 211.607, 82.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 aromatic prenyltransferase


分子量: 36988.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
遺伝子: ambP3 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5TDY7

-
非ポリマー , 5種, 543分子

#2: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-8XL / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / (Z)-2-(1H-インド-ル-3-イル)ビニルイソシアニド


分子量: 168.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8N2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % / Mosaicity: 1.255 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→25 Å / Num. obs: 57870 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.94-2.014.70.49556840.8410.2510.5581.15198.8
2.01-2.094.70.39557260.8870.20.4451.20898.6
2.09-2.184.70.32157250.9010.1620.3621.14898.7
2.18-2.34.70.26556880.9450.1330.2981.12498.3
2.3-2.444.80.23157200.9510.1140.2591.09498.2
2.44-2.6350.18957820.9580.0930.2121.02498.7
2.63-2.95.20.15758010.9710.0750.1751.04499.5
2.9-3.325.40.13658440.9760.0650.1521.04899.5
3.32-4.175.50.1158950.9820.0520.1221.04599.6
4.17-255.40.07660050.9910.0350.0841.08698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.189 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1942 2896 5 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.1532 54972 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.25 Å2 / Biso mean: 33.737 Å2 / Biso min: 18.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4891 0 52 538 5481
Biso mean--53.71 43.59 -
残基数----613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9476949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.802310706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0945615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9624.64250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16515807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8911520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0215689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021067
LS精密化 シェル解像度: 1.953→2.003 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 154 -
Rwork0.209 3048 -
all-3202 -
obs--73.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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