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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ynm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MERS-CoV nsp16/nsp10 complex bound to SAM and m7GpppA | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / inhibitor / cofactor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation ...mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Guo, D.Y. / Fan, C.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of MERS Coronavirus RNA ribose 2'-O-methylation by nsp16/nsp10 protein complex 著者: Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Liu, Q.Y. / Yang, Z.Z. / Chen, Y. / Guo, D.Y. / Fan, C.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5yn5C ![]() 5yn6C ![]() 5yn8C ![]() 5ynbC ![]() 5ynfC ![]() 5yniC ![]() 5ynjC ![]() 5ynnC ![]() 5ynoC ![]() 5ynpC ![]() 5ynqC ![]() 3r24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33737.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14902.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf1ab / プラスミド: PET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 261分子 






#3: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-GTA / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 5000 ME, 5% Tascimate, pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→45.61 Å / Num. obs: 131556 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.68 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6477 / CC1/2: 0.854 / Rsym value: 0.938 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3r24 解像度: 1.68→34.761 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.06 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→34.761 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 71.2223 Å / Origin y: 87.6925 Å / Origin z: 157.0696 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |