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- PDB-5ynm: Crystal structure of MERS-CoV nsp16/nsp10 complex bound to SAM an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynm
タイトルCrystal structure of MERS-CoV nsp16/nsp10 complex bound to SAM and m7GpppA
要素
  • nsp10 protein
  • nsp16 protein
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / cofactor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation ...mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTA / S-ADENOSYLMETHIONINE / ORF1ab polyprotein / ORF1a
類似検索 - 構成要素
生物種Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Guo, D.Y. / Fan, C.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
NSFC31570762 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of MERS Coronavirus RNA ribose 2'-O-methylation by nsp16/nsp10 protein complex
著者: Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Liu, Q.Y. / Yang, Z.Z. / Chen, Y. / Guo, D.Y. / Fan, C.P.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nsp16 protein
B: nsp10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9576
ポリマ－48,6402
非ポリマー1,3174
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.713, 70.024, 120.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 nsp16 protein


分子量: 33737.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0BWD0
#2: タンパク質 nsp10 protein


分子量: 14902.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
遺伝子: orf1ab / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K4LC41

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非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GTA / P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-METHYL-GPPPA / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)


分子量: 787.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O17P3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 5000 ME, 5% Tascimate, pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→45.61 Å / Num. obs: 131556 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル最高解像度: 1.68 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6477 / CC1/2: 0.854 / Rsym value: 0.938 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3r24

3r24


解像度: 1.68→34.761 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.06
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 3788 3.01 %
Rwork0.1802 --
obs0.1808 125786 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→34.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3124 0 80 257 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3644470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0951987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6769-1.69810.47851490.44374412X-RAY DIFFRACTION96
1.6981-1.72040.35931310.3694530X-RAY DIFFRACTION100
1.7204-1.7440.32111420.34924557X-RAY DIFFRACTION100
1.744-1.76890.35051310.32454532X-RAY DIFFRACTION100
1.7689-1.79530.3171480.3074560X-RAY DIFFRACTION100
1.7953-1.82340.36011330.29244540X-RAY DIFFRACTION100
1.8234-1.85320.32441450.28434518X-RAY DIFFRACTION100
1.8532-1.88520.30431340.26074592X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.91950.30151510.24424508X-RAY DIFFRACTION100
1.9195-1.95640.23281360.23564534X-RAY DIFFRACTION100
1.9564-1.99630.22031420.20384544X-RAY DIFFRACTION100
1.9963-2.03970.25031540.17974539X-RAY DIFFRACTION100
2.0397-2.08720.14511480.17824544X-RAY DIFFRACTION100
2.0872-2.13940.24051370.17334534X-RAY DIFFRACTION100
2.1394-2.19720.20511250.17534565X-RAY DIFFRACTION100
2.1972-2.26180.22491560.17424587X-RAY DIFFRACTION100
2.2618-2.33480.2081270.17914541X-RAY DIFFRACTION100
2.3348-2.41830.22571460.18194520X-RAY DIFFRACTION100
2.4183-2.51510.21481390.18214553X-RAY DIFFRACTION100
2.5151-2.62950.20161310.17284561X-RAY DIFFRACTION100
2.6295-2.76810.21691420.1784521X-RAY DIFFRACTION100
2.7681-2.94140.22161390.17194571X-RAY DIFFRACTION100
2.9414-3.16840.2161420.16684522X-RAY DIFFRACTION100
3.1684-3.4870.17711480.16084532X-RAY DIFFRACTION100
3.487-3.99090.12381460.14434530X-RAY DIFFRACTION100
3.9909-5.02570.14051410.13534474X-RAY DIFFRACTION98
5.0257-34.76870.19541250.19044077X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.2223 Å / Origin y: 87.6925 Å / Origin z: 157.0696 Å
111213212223313233
T0.2421 Å2-0.0047 Å2-0.0498 Å2-0.205 Å2-0.0207 Å2--0.2319 Å2
L1.3563 °20.204 °2-0.4069 °2-1.759 °20.0866 °2--0.6425 °2
S-0.0414 Å °0.0357 Å °-0.3443 Å °0.0376 Å °0.0095 Å °-0.1215 Å °0.2374 Å °-0.0389 Å °0.0207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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