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万見
- PDB-5ynl: Crystal structure of a cold-adapted arginase from psychrophilic y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynl
タイトルCrystal structure of a cold-adapted arginase from psychrophilic yeast, Glaciozyma antarctica
要素Arginase
キーワードHYDROLASE / Arginase / Glaciozyma antarctica / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine metabolic process / arginase / arginase activity / urea cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Ureohydrolase domain / Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Glaciozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.349 Å
データ登録者Yusof, N.Y. / Quay, D.H.X. / Illias, R.M. / Firdaus-Raih, M. / Abu-Bakar, F.D. / Mahadi, N.M. / Murad, A.M.A.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science Technology and Innovation (Malaysia)02-05-20-SF0007 マレーシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a cold-adapted arginase from psychrophilic yeast, Glaciozyma antarctica
著者: Murad, A.M.A. / Abu-Bakar, F.D. / Illias, R.M. / Mahadi, N.M. / Firdaus-Raih, M. / Quay, D.H.X. / Yusof, N.Y.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8281
ポリマ－38,8281
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.193, 91.193, 107.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-452-

HOH

21A-453-

HOH

31A-454-

HOH

41A-455-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Arginase


分子量: 38827.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaciozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2R2JFW7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium malonate pH 5, 12 % w/v polyethylene glycol 3,350, 0.1 M TCEP hydrochloride, 10mg/ml purified protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.349→63.7 Å / Num. obs: 13850 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HZE

4hze


解像度: 2.349→28.767 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 692 5.01 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2264 13805 99.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.349→28.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 0 0 55 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3212833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.254739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3488-2.53010.33581660.27042620X-RAY DIFFRACTION100
2.5301-2.78450.3061350.25652659X-RAY DIFFRACTION100
2.7845-3.18690.27871400.24362643X-RAY DIFFRACTION100
3.1869-4.01350.28221720.23732530X-RAY DIFFRACTION97
4.0135-28.76920.1895790.18962661X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2003-0.20110.17642.52040.31044.3490.29990.05940.3463-0.5994-0.0154-0.2868-1.09170.7175-0.12880.6935-0.2130.00840.36610.05260.446718.907624.271483.6483
24.60120.49410.0942.6184-0.41421.08850.0486-0.1374-0.1166-0.0255-0.1888-0.8201-0.06231.3505-0.17060.2839-0.0727-0.07160.81750.10470.557828.188810.852790.6273
38.50293.48261.68761.88431.06530.6402-0.2581.7955-0.2338-0.0856-0.4254-0.58030.08351.09550.39690.57140.2466-0.2591.11220.10780.741825.6839-0.040992.1832
42.91421.5518-0.77475.70840.37072.64040.00690.03740.1086-0.1432-0.12270.0856-0.20430.1870.16120.2039-0.0181-0.08240.3230.03270.301710.046811.694590.2813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 190 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 191 through 206 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 207 through 318 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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