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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ynf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MERS-CoV nsp16/nsp10 complex bound to m7GpppA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA capping enzyme complex / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation ...mRNA capping enzyme complex / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.791 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Chen, Y. / Guo, D.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of MERS Coronavirus RNA ribose 2'-O-methylation by nsp16/nsp10 protein complex 著者: Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Yang, Z.Z. / Liu, Q.Y. / Chen, Y. / Guo, D.Y. / Fan, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ynf.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ynf.ent.gz | 149.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ynf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ynf_validation.pdf.gz | 802.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ynf_full_validation.pdf.gz | 806.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ynf_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ynf_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/5ynf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/5ynf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yn5C 5yn6C 5yn8C 5ynbC 5yniC 5ynjC 5ynmC 5ynnC 5ynoC 5ynpC 5ynqC 3r24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33737.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) 遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0BWD0 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14902.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) 遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K4LC41 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GTA / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 5000 ME, 5% Tascimate, pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→48.45 Å / Num. obs: 105592 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.79 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5208 / CC1/2: 0.784 / Rsym value: 1.037 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3r24 解像度: 1.791→48.433 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.28 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.791→48.433 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 69.7292 Å / Origin y: 88.33 Å / Origin z: 154.2458 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |