PDB-5ymr: The Crystal Structure of IseG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ymr

タイトル

The Crystal Structure of IseG

要素

Formate acetyltransferase

キーワード

LYASE / Isethionate / glycyl radical enzyme / C-S bond cleavage

機能・相同性

機能・相同性情報

isethionate sulfite-lyase / alkanesulfonate catabolic process / transferase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Lin, L. / Zhang, J. / Xing, M. / Hua, G. / Guo, C. / Hu, Y. / Wei, Y. / Ang, E. / Zhao, H. / Zhang, Y. / Yuchi, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Radical-mediated C-S bond cleavage in C2 sulfonate degradation by anaerobic bacteria.
著者: Xing, M. / Wei, Y. / Zhou, Y. / Zhang, J. / Lin, L. / Hu, Y. / Hua, G. / N Nanjaraj Urs, A. / Liu, D. / Wang, F. / Guo, C. / Tong, Y. / Li, M. / Liu, Y. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.

履歴

登録	2017年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ymr.cif.gz	627.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ymr.ent.gz	515.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ymr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ymr_validation.pdf.gz	491.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ymr_full_validation.pdf.gz	535.6 KB	表示
XML形式データ	5ymr_validation.xml.gz	114 KB	表示
CIF形式データ	5ymr_validation.cif.gz	158.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ymr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ymr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6czy-d 5a0u-1 6qp9-d 5fav-d 5kdp-d 5faw-d 21601 5nxb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Formate acetyltransferase

D: Formate acetyltransferase

C: Formate acetyltransferase

A: Formate acetyltransferase

ヘテロ分子

367 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Formate acetyltransferase

A: Formate acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Formate acetyltransferase

C: Formate acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.111, 159.444, 115.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND ((RESID 32 THROUGH 33 AND (NAME N...
2	1	1	(CHAIN B AND ((RESID 32 THROUGH 33 AND (NAME N...
3	1	1	(CHAIN C AND ((RESID 32 THROUGH 33 AND (NAME N...
4	1	1	(CHAIN D AND (RESID 32 THROUGH 35 OR (RESID 36...

#1: タンパク質	Formate acetyltransferase 分子量: 91464.477 Da / 分子数: 4 / 変異: E133A/D134A/R136A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア) 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVU_2824 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q727N1
#2: 化合物	ChemComp-8X3 / 2-hydroxyethylsulfonic acid / 2-oxidanylethanesulfonic acid / イセチオン酸分子量: 126.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₄S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.398→50 Å / Num. obs: 153197 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.559 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→48.27 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	15290	9.99 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.217	153010	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24931	0	64	737	25732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	25617
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	34816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.151	15172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	3775
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4540

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	14869	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	14869	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	14869	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	14869	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3979-2.4251	0.3369	451	0.2615	3797	X-RAY DIFFRACTION	83
2.4251-2.4537	0.3171	520	0.2401	4620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4537-2.4836	0.321	490	0.2408	4572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4836-2.515	0.3264	509	0.2391	4594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.515-2.5481	0.3062	493	0.2382	4590	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5481-2.583	0.307	518	0.225	4584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.583-2.6199	0.3029	496	0.2298	4669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6199-2.659	0.3118	533	0.2484	4538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.659-2.7006	0.3086	492	0.2337	4614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7006-2.7448	0.3009	521	0.2241	4575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7448-2.7922	0.3046	520	0.2359	4565	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7922-2.8429	0.3122	495	0.2315	4627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8429-2.8976	0.3163	510	0.243	4627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8976-2.9567	0.3407	538	0.2395	4581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9567-3.021	0.2913	487	0.2321	4568	X-RAY DIFFRACTION	99
3.021-3.0913	0.286	532	0.2252	4579	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0913-3.1686	0.2893	514	0.2226	4597	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1686-3.2542	0.2701	501	0.2305	4624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2542-3.35	0.2688	511	0.2265	4596	X-RAY DIFFRACTION	99
3.35-3.4581	0.2707	519	0.2222	4645	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4581-3.5816	0.2428	489	0.2101	4610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5816-3.725	0.254	514	0.2042	4658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.725-3.8944	0.2346	532	0.1939	4580	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8944-4.0997	0.2194	510	0.1901	4646	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0997-4.3564	0.216	516	0.1827	4615	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3564-4.6925	0.2275	505	0.1922	4669	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6925-5.1642	0.2218	507	0.1953	4674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1642-5.9103	0.229	531	0.2041	4663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9103-7.442	0.2229	513	0.1918	4733	X-RAY DIFFRACTION	100
7.442-48.2789	0.1945	523	0.1586	4710	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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