PDB-5ym9: Crystal Structure of the Deamidase from Legionella pneumophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ym9

タイトル

Crystal Structure of the Deamidase from Legionella pneumophila

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Deamidase / CIF

機能・相同性

: / MvcA insertion domain / MvcA insertion domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhu, Z.L. / Zhu, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Deamidase from Legionella pneumophila
著者: Zhu, Z.L. / Zhu, M.

履歴

登録	2017年10月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ym9.cif.gz	168.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ym9.ent.gz	132.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ym9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ym9_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ym9_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	5ym9_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	5ym9_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ym9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ym9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6k11-1 6k11-2 5suj-2 5mfd-4 2f4y-d 5suj-1 3csb-d 1bse-d 4mxm-d 4ogm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.101, 135.895, 64.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / Deamidase 分子量: 44044.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZTL3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein / Deamidase

分子量: 44044.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2148 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZTL3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.55 % / Mosaicity: 1.065 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 37412 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.371 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 238747

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.5-2.54	5.9	0.938	1834	0.843	0.412	1.513	98.1
2.54-2.59	5.9	0.819	1836	0.834	0.36	1.574	98.3	0.897
2.59-2.64	6	0.748	1820	0.856	0.326	1.604	98	0.819
2.64-2.69	6	0.654	1869	0.911	0.285	1.628	97.6	0.715
2.69-2.75	6.1	0.579	1782	0.924	0.25	1.558	97.6	0.632
2.75-2.82	6.1	0.447	1852	0.952	0.194	1.616	97.6	0.489
2.82-2.89	6.1	0.357	1820	0.962	0.153	1.576	97.5	0.389
2.89-2.96	6.2	0.3	1828	0.974	0.128	1.568	97.8	0.327
2.96-3.05	6.3	0.247	1849	0.98	0.105	1.594	98.1	0.268
3.05-3.15	6.3	0.196	1841	0.986	0.083	1.55	97.7	0.213
3.15-3.26	6.4	0.166	1846	0.991	0.07	1.502	98.2	0.181
3.26-3.39	6.5	0.132	1888	0.995	0.055	1.446	98.7	0.143
3.39-3.55	6.5	0.106	1869	0.996	0.045	1.386	99.2	0.115
3.55-3.73	6.6	0.088	1888	0.997	0.036	1.285	99.3	0.095
3.73-3.97	6.7	0.083	1889	0.996	0.035	1.204	99.8	0.09
3.97-4.27	6.7	0.072	1915	0.997	0.03	1.038	99.8	0.078
4.27-4.71	6.8	0.067	1920	0.998	0.028	0.961	99.9	0.073
4.71-5.39	6.8	0.055	1952	0.998	0.023	1.038	99.9	0.06
5.39-6.79	7	0.049	1944	0.999	0.02	1.024	99.8	0.053
6.79-100	6.6	0.041	1970	0.998	0.018	1.117	94.3	0.045

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.809 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	1798	4.82 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.2031	37317	98.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.69 Å² / B_iso mean: 70.8825 Å² / B_iso min: 42.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→46.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6190	0	0	215	6405
B_iso mean	-	-	-	67.57	-
残基数	-	-	-	-	768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.581	8524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.859	2418

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4996-2.5672	0.3442	150	0.2946	2651	2801	97
2.5672-2.6427	0.2978	132	0.2802	2671	2803	98
2.6427-2.728	0.3189	128	0.2749	2706	2834	97
2.728-2.8255	0.3272	139	0.2537	2655	2794	97
2.8255-2.9386	0.3376	132	0.2538	2696	2828	98
2.9386-3.0723	0.2956	132	0.2404	2716	2848	98
3.0723-3.2342	0.3102	132	0.2287	2685	2817	98
3.2342-3.4368	0.2907	146	0.2188	2697	2843	99
3.4368-3.7021	0.2342	130	0.1979	2759	2889	99
3.7021-4.0744	0.2452	127	0.1868	2813	2940	100
4.0744-4.6636	0.1971	147	0.1718	2780	2927	100
4.6636-5.8738	0.2521	161	0.1788	2825	2986	100
5.8738-46.8176	0.2143	142	0.1771	2865	3007	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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