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万見
- PDB-5ym7: Crystal Structure of B562RIL without disulfide bond -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ym7
タイトルCrystal Structure of B562RIL without disulfide bond
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / hemoprotein / fusion partner / helix bundle
機能・相同性Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / Soluble cytochrome b562
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56225177343 Å
データ登録者Pu, M. / Xu, Z. / Song, G. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Protein crystal quality oriented disulfide bond engineering.
著者: Pu, M. / Xu, Z. / Peng, Y. / Hou, Y. / Liu, D. / Wang, Y. / Liu, H. / Song, G. / Liu, Z.J.
履歴
登録2017年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7851
ポリマ－11,7851
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5940 Å2
2
A: Soluble cytochrome b562

A: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5702
ポリマ－23,5702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area740 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.847, 51.155, 89.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-336-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11785.229 Da / 分子数: 1 / 変異: M7W, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NH4(SO4), Bicine , N-octanoylsucrose / PH範囲: 9.0-9.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.562→44.975 Å / Num. obs: 14000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.1521696183 Å2 / Net I/σ(I): 39.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M6T

1m6t


解像度: 1.56225177343→44.975 Å / SU ML: 0.169440916656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3792180429 / 位相誤差: 21.7038281078
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238443787536 1400 10 %
Rwork0.196898359674 --
obs0.201049806393 14000 99.608680185 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.7897736626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56225177343→44.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数827 0 0 145 972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00243368861179837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4587810791581129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342376882316127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037508333394151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1866755101324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5623-1.61810.2189380874151330.1993687593661191X-RAY DIFFRACTION96.2909090909
1.6181-1.68290.2589635506731380.2134477135261242X-RAY DIFFRACTION99.9275887038
1.6829-1.75950.2866604144081380.2028133809481247X-RAY DIFFRACTION100
1.7595-1.85220.2727847968151390.2080339006741251X-RAY DIFFRACTION100
1.8522-1.96830.2744924471841390.2183040586611250X-RAY DIFFRACTION100
1.9683-2.12030.2431403887161390.2045330420541248X-RAY DIFFRACTION100
2.1203-2.33360.2385742497131420.1799115962441279X-RAY DIFFRACTION100
2.3336-2.67130.2236433131381390.1992715484751256X-RAY DIFFRACTION100
2.6713-3.36530.2427577073281430.1940577461521286X-RAY DIFFRACTION100
3.3653-44.99360.218445382141500.1916622964291350X-RAY DIFFRACTION99.8003992016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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