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万見
- PDB-5ym3: CYP76AH1-4pi from salvia miltiorrhiza -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ym3
タイトルCYP76AH1-4pi from salvia miltiorrhiza
要素Ferruginol synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / inhibitor / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferruginol synthase / diterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / Ferruginol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salvia miltiorrhiza (タンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Chang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
The National Natural Science Foundation of China81773833 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of CYP76AH1 in 4-PI-bound state from Salvia miltiorrhiza.
著者: Gu, M. / Wang, M. / Guo, J. / Shi, C. / Deng, J. / Huang, L. / Huang, L. / Chang, Z.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferruginol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4094
ポリマ－55,5931
非ポリマー8163
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.103, 109.103, 105.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ferruginol synthase / Cytochrome P450 76AH1


分子量: 55593.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia miltiorrhiza (タンジン) / 遺伝子: CYP76AH1
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
参照: UniProt: S4UX02, EC: 1.14.13.190
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PIM / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / 4-フェニル-1H-イミダゾ-ル


分子量: 144.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: HEPES, Jeffamine M-600 Reagent, manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22668 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.601→43.132 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 1144 5.11 %
Rwork0.1849 --
obs0.1873 22391 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→43.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 55 149 3871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9295213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5951443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6006-2.71890.43011360.36162441X-RAY DIFFRACTION92
2.7189-2.86230.2881190.25352706X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-3.04150.34411420.26912626X-RAY DIFFRACTION99
3.0415-3.27630.26331510.2152654X-RAY DIFFRACTION100
3.2763-3.60590.26211510.18852670X-RAY DIFFRACTION99
3.6059-4.12730.21731660.16082624X-RAY DIFFRACTION99
4.1273-5.19850.15621390.13832731X-RAY DIFFRACTION99
5.1985-43.13750.17441400.14212795X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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